法務部1日指出，氣象專家李富城於1日上午在臉書表示，當初台灣逮捕政大畢業的陸生周泓旭，也沒有進行通知，「我們做了跟共產黨同樣的事」，沒看見有人說要重視人權。李富城的說法嚴重悖離事實。法務部3月10日接地檢署就周泓旭已獲裁准羈押後，隨即於當日即依「兩岸共同擊犯罪司法互助協議」規定，通報大陸公安部。

法務部表示，今年3月10日接獲臺灣臺北地方法院檢察署就周泓旭已獲裁准羈押之傳真通知後，隨即於當日即依「兩岸共同擊犯罪司法互助協議」規定，通報大陸公安部，法務部發言人並已公開對媒體披露刊載該訊息。前述媒體報導內容指稱法務部就周泓旭被羈押一事，並未對陸方通報云，與事實不符。

法務部表示，至於近日李明哲赴陸失聯後，法務即於3月28日與大陸公安部聯繫，請求查明李明哲在大陸之現況，並再次以聯繫公函請大陸公安部儘速查明李明哲先生之現況，確保李明哲之健康，若李明哲有人身自由受限制之情形，除應依照「兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」之規定向我方通報外，也應確保其相關訴訟法上之權益，並同意協助家屬探視。法務部再次呼籲陸方應基於協議規定精神，立即就李明哲受拘束自由事通報台灣，使其行使合法權益及保障其人權。

同時，陸委會也表示，關於李明哲失蹤一事，自3月19日起，府院高層即指示各有關部門，採取一切必要措施與各種可行管道協處本案，與家屬及相關團體保持緊密聯繫。

陸委會指出，中國大陸須正視並嚴肅面對NGO團體共同聲援李明哲的行動，深刻理解臺灣人民對人權保障的信念與堅持。陸方應理解多年來NGO團體對兩岸關係發展的重大貢獻，須確保兩岸NGO組織可以在自由無懼的環境下，為兩岸和平貢獻心力。

陸委會表示，本案為兩岸及國際社會高度關注，台灣呼籲北京當局應儘速釐清事實，並積極回應台灣及家屬各項訴求，圓滿化解爭議，避免影響當前複雜敏感的兩岸關係。