民進黨立委陳亭妃3日爆出國立清華大學也簽署一中承諾書，世新大學不是個案，對此，清華大學發表聲明表示，校方並未簽署一中承諾書，而是「堅持學術交流不涉政治」的承諾書。
世新大學2日傳出簽署一中承諾書，內容承諾中國來台交流的學生「課程不涉及政治敏感的一中、兩個中國、台灣獨立」等內容，清華大學3日也傳出簽署一中承諾書，教育部隨即展開清查，目前掌握到有簽署一中承諾書的大專院校，有中華大學、中原大學、朝陽科大、靜宜大學、世新大學、清華大學等6所，且這些學校未事先向教育部申報。
對此，清華大學發布聲明稿表示，在《台灣地區與大陸地區人民關係條例》中規定，書面約定不得涉及政治內容，而校方發給學生的這份說明，僅重申不涉及政治內容，清大強調，學術交流研究本來就不涉及宗教、商業、政治，對於學校教師的教學內容，校方從不曾干預。
清大指出，2010年起在校舉辦「兩岸暑期學術交流活動」就依中國方面的大學所提供的參考範本擬定內容，主要在說明活動內容與交流期間不涉及政治議題，讓中國師生能夠順利通過審批程序，訪台參與研修活動。
此外，清大強調，校方與對岸學校的任何正式書面約定，均按法令規定事前向教育部申報，這項承諾書並非學校對學校的正式約定，而僅提供給申請到該校研修，並有此需求的中國學生。
