對於外界質疑，總統府司法改革國是會議分組委員遴選過程「黑箱作業」，新頭殼取得一份副召集人瞿海源日前發給所有籌委的信件，一一說明分組委員篩選過程。瞿指出， 「由於從441位被推薦者中挑選出60人，遺漏在所難免。對許多籌委獨力費心推薦人選，非常感謝，對沒有被挑選籌委獨力用心推薦的人選，也感到萬分抱歉。」他也拜託，籌委在國是會議期間盡量多向未入選者請教，並鼓勵他們多發表建言。
總統府司法改革國是會議籌委會從 2月1日推薦籌備委員及社會團體推薦分組會議委員；並於17日晚間正式對外公佈101位委員名單。不過，卻遭來「黑箱」的指控，並指2月8日瞿海源召集各分組召集人挑選的名單是「密室作業」等。
據了解，對於部分籌委質疑，瞿海源13日前就在籌委會內部電子郵件群組發信給各委員，一一說明整個篩選作業。對於2月8日會議，瞿在信中指出，他與司法院長許宗力共2位副召集人、5位分組召集人（瞿副召兼第3分組召集人）和副執行秘書林峯正，針對各分組之被推薦名單，逐組詳細討論，形成初步的出席人建議名單。
瞿在信中表示，根據1月10日第2次籌備會議通過的「各分組出席人產生方式」第2項「兩位副召集人與各分組籌委『協調』，產生最妥適之各分組出席人。」以上各步驟即在與分組召集人及籌委「協調」產生最妥適之各組分組出席人。
瞿海源指出，在過程中，2位副召集人先協調出5位分組召集人，召集人選再經全體籌委認可，接著，由2位副召集人和5位分組召集人共6人（瞿副召兼第3分組召集人）集會協調出各分組出席人名單。這樣緊湊的過程，也先有6人集會商議才完成分組出席人的挑選。依籌委會3次開會的經驗，如果由全體籌委開會挑選出分組出席人，幾乎是不可能的。實際上，整個挑選過程還都是在「協調」，「產生最妥適之各分組出席人」。
他還表示，由於從441位被推薦者中挑選出60人，遺漏在所難免。對許多籌委獨力費心推薦人選，非常感謝，對沒有被挑選籌委獨力用心推薦的人選，也感到萬分抱歉！請諸位籌委在國是會議期間盡量多向未入選者請教，並鼓勵他們多發表建言。
對於外界有人指控司法改革國是會議運黑箱運作，一位籌委受訪表示，對於分組會議還沒開始，就放話讓媒體捕風捉影，這個籌委如果真有其人，恐怕再也不適任。
另一位籌委受訪也認為，這次分組委員篩選並沒有黑箱的情形，對於部分資訊外流，遭到新聞操作，他也深不以為然。至於被問及瞿海源是否有強勢主導分組會議人選，他則認為，瞿海源相當溫和、客氣，沒有給人這種感覺。
以下為副召集人瞿海源向籌委會說明遴選分組委員之信函
各位籌委：
特來說明挑選司改國是會議分組出席人的過程如下：
一、2月1日籌備委員推薦截止，2月2日開始幕僚作業，匯集16位籌備委員（含兩位副召集人）被推薦人共616人次，去掉重複共有326人。
二、2月3日下午，傳給兩位副召集人全體籌委被推薦人資料。
三、2月4日兩位副召集人和林副執行秘書，於上午10時30分在司法院長室協調分組召集人。協調結果，當場電話徵得被提名召集人同意。並即約定 2月8日下午3:00在院長室集會。
四、2月6日 上午9時44分，兩位副召集人連名致函全體籌委，徵求同意分組召集人及分組籌委之名單安排。至2月8日，乃至到11日，都無籌委提出異議。
五、2月8日下午3:00在司法院院長室，兩位副召集人、五位分組召集人（瞿副召兼第三分組召集人）和林副執行秘書，針對各分組之被推薦名單，逐組詳細討論，形成初步的出席人建議名單。
六、截至2月10日17:00為止，社會團體共推薦不重複之118人， 經兩位籌委會副召集人挑選入出席人建議名單後，完成分組出席人建議名單。
七、2月 10日下午18:01，兩位副召集函請全體籌委審閱協調完成分組出席人的挑選。
根據1月10日第二次籌備會議通過的「各分組出席人產生方式」第二項「兩位副召集人與各分組籌委『協調』，產生最妥適之各分組出席人」。以上各步驟即在與分組召集人及籌委「協調」產生最妥適之各組分組出席人。
在過程中，兩位副召集人先協調出五位分組召集人，召集人選再經全體籌委認可，再由兩位副召集人和五位分組召集人共六人集會協調出各分組出席人名單。這樣緊湊的過程，也先有六人集會商議才完成分組出席人的挑選。依籌委會三次開會的經驗，如果由全體籌委開會挑選出分組出席人，幾乎是不可能。實際上，整個挑選過程還都是在「協調」「產生最妥適之各分組出席人」。
由於從441位被推薦者中挑選出60人，遺漏在所難免。對許多籌委獨力費心推薦人選，非常感謝，對沒有挑選籌委獨力用心推薦的人選也感到萬分抱歉！請諸位籌委在國是會議期間盡量多向未入選者請教並鼓勵他們多發表建言。
在最後函請全體16位籌委審閱及核可，有6位同意，有3位提出修改建議，2位有簽收沒提意見，有3位未簽收，有2位有異議。兩位副召集人接受3位籌委的修改意見，調整第一分組陳龍綺取代阮文雄、第三分組陳重言律師取代尤伯祥律師、第二分組尤伯祥律師取代高烊輝律師、割愛高烊輝律師。總的來說9位籌委同意，2位有異議，若簽收而未表示意見者也算是同意，則有11位同意，2位有異議，3位未表意見。
整個過程實在太緊湊，接下來林諮委辦公室幕僚要在星期一之前徵求全部出席人同意。
副召集人 瞿海源報告
