總統蔡英文在10月11日第2次執政決策協調會議中拍板，未來三級機關將可任用政務官，採取「政務、常務」任用雙軌制，行政院也在12月15日院會中正式通過修法，未來涉及國家重大政務的三級機關，首長得列政務或常務，政務職總數上限為25人，修法將函送立法院審議。
根據現行規定，三級機關（各部會的署、局、處）首長，除了健保署因性質特殊、且法律規定必須列政務職外，其餘都由文官擔任。行政院人事行政總處表示，考量政府的人力資源需要更多創新與彈性治理能力，加上行政院所屬的二、三級機關組織業務涉及高度政策性，應該視實際需要配置政務人員。
而此次政院通過修改《中央行政機關組織基準法》、經立法院審議通過後，未來包括像教育部體育署、內政部營建署、交通部觀光局等120個三級機關首長，將可以視需要任用政務官，上限則為25人，藉此讓政府引進更多外部人才。
另外，現行規定，二級機關可任用政務副首長1至3人，修法也明定二級機關副首長人數可增加至4人，當中最多可任用3名政務官擔任副首長一職，以利政府與國會、民眾有效溝通，不過，總數管制仍與先前一樣設為52人，採取彈性運用，以避免社會觀感不佳。
這項修法在蔡英文於「執政決策協調會議」拍板後啟動，不過，由於增派政務官，也讓國民黨立委質疑是民進黨為了要增加酬庸的「肥貓法案」。
