高雄市政府12日重申，高雄市果菜用地徵收案不同於大埔、文林苑等案件。市府說，大埔與文林苑案，是將土地利益處分予私人建商財團，而果菜市場則是進行純粹的公共建設，是基於公益作為，與大埔、文林苑本質上迥不相同。
針對政大教授徐世榮在臉書發文，「陳菊已非過去的陳菊，不只她自己不認識自己，我們其實也不認識她了。」高雄市政府表示，在現行體制與法規的侷限下，未能完全達到學者們對進步價值的期待，市府會深切探討，接下來，與社會擴大溝通，謀求更好的可能性。
市府說，市長陳菊感慨的是，目前各界對於果菜市場等建設案件，有許多對事實層面的誤解，希望能釐清這些誤解，在事實的基礎上，進行批評討論。
市府指出，在果菜市場一案中，網路與媒體上有許多錯誤的陳述，諸如「法律程序未完備」、「沒有協商」、「沒有安置補償」，這是不實的，在果菜市場拆除前，早在民國71年已確定判決徵收為合法，其後，自救會之假處分聲請亦已由法院所駁回過，法律程序確實已經完備。
市府強調，果菜市場至少進行過9次協商，確實在陳菊任內進行，並非如有律師所不實陳述「都是前市長任內進行」。市府不但在協調會中提出具效力的補償與安置保證，而且補償總額由開始的4千萬元，逐次提升至1億3千萬元，也有許多住戶在過程中間接受協調、同意搬遷。
對於部份批評者將果菜市場比擬為大埔、文林苑等案件，市府表示，這是不正確的類比。市府說，大埔與文林苑案，是將土地利益處分予私人建商財團，而果菜市場則是進行純粹的公共建設，雖然各界對市府公權力之執行仍有不同意見與看法，但果菜市場基於公益作為，與大埔、文林苑本質上迥不相同。
