對於民進黨政府是否可能廢除蒙藏委員會，內政部長葉俊榮13日備詢時透露，內政部認為蒙藏委員會未來可能有組織改造需要，因此，對於《移民法》第16條修正，他建議使用「蒙藏主管機關」字眼。這也是民進黨現任部會首長首度暗示未來組織改造，將觸及蒙藏委員會存廢問題。

立法院內政委員會13日邀請相關部會針對《移民法》、《兩岸關係條例》修正案進行備詢。之前政府為了解決滯台藏人居留問題，曾修改《移民法》第16條第4項，規範1999年5月21日到2008年12月31日入國之印度或尼泊爾地區無國籍人民，未能強制其出國，且經蒙藏委員會認定其身分者，入出國及移民署應許可其居留。

至於現在又新增的西藏人球議題，民進黨立委Kolas Yotaka則再度提案修正《移民法》第16條。但內政部在書面則提出文字修訂建議為，2016年5月31日以前入境之印度或尼泊爾地區無國籍人民，未能強制其出國，且經「蒙藏事務主管機關」組成審查會認定其身分者，移民署應許可其居留。

葉俊榮在口頭報告時表示，過去曾有些機制處理更早之前的滯台藏人議題，也就是透過修改《移民法》第16條第4項，並制訂2008年12月31日為落日條款，來處理之前已入台的藏人居留問題。他認同立委的修正方向，但認為修改目的主要是要解決當前滯台藏人問題。

不過，葉俊榮也說，內政部有2個修法建議，首先應該設定落日期間，其次，要經過「蒙藏主管機關」予以審核。「考量到蒙藏委員會未來可能有組織改造的需求，所以文字上可能比較適合寫的是『蒙藏事務主管機關』，而不是蒙藏委員會」。