內政部長葉俊榮日前接受立委質詢時脫口「沖之鳥基本上是一個礁」，與新政府立場不同調。行政院1日召開聯合記者會，發言人童振源表示，這並非內政部執掌範圍，且這件爭議重點也不在於認定沖之鳥是島或礁，而是附近海域的國際法地位，「我方就算片面宣布，也無法確保我國漁民權益。」

針對葉俊榮說法，國民黨立法院黨團仿照美豬議題，號召花蓮縣漁民北上，召開記者會痛批新政府護漁態度曖昧模糊，到底沖之鳥是礁還是島，一個政府兩種說法，讓漁民由失望轉為憤怒，擔心漁權被犧牲掉。

對此，童振源解釋，葉俊榮其實有說明這不是內政部執掌範圍，也在事後表示尊重外交部立場。童振源強調，沖之鳥主權屬於日本，這沒有爭議，重點不在於認定沖之鳥是島或礁，而是它附近海域的國際法地位，而這個地位我方就算片面宣布，也無法確保我國漁民權益。

外交部次長李澄然重申，我政府對沖之鳥爭議一向主張依據國際法協商，希望和平解決，在聯合國大陸礁層界限委員會(CLCS)沒有定論前，日本應該尊重我國航行、捕魚的權利，雖然目前存在爭議，但是政府護漁決心不變。

李澄然認為，現在時空已經不一樣，台日雙方都很有善意，我方希望透過7月開啟台日海洋事務合作對話機制，獲得一個共識。至於是否簽署協議或合作備忘錄，他表示，事情還沒發生很難去評估。