為解決沖之鳥海域爭議，行政院宣布即將成立台日海洋事務對話機制，有關國民黨質疑日本首相安倍晉三的胞弟岸信夫日前訪台時，與蔡英文之間有黑箱協議，總統府發言人黃重諺24日回應，「如果有密約，何必要協商？」這不是事實，也無益於問題的解決。

黃重諺表示，以對話合作取代衝突爭端，是處理國際事務原則，也符合國家利益，總統府期待透過對話，促進漁民以及國家的最大利益，同時也對區域間的爭端解決有助益。

另外，對於行政院長林全520上任後，隨即裁示行政院對324占領政院的太陽花學運人士撤告，黃重諺表示，總統府支持行政院做法。他說，太陽花學運是深化民主的重要里程碑，也是公民社會展現力量，告訴政府面對民意必須謙卑，並且要時時反省的重要一課。