新政府即將上台，外界也關注未來是否會開放美豬進口。對此，台北市長柯文哲表示，美豬是政治問題，不是專業問題，他認為，若老百姓不管什麼理由都不要（反對進口），市府當然就要尊重老百姓的意見。
柯文哲16日上午赴議會專案報告，針對美豬議題，國民黨市議員陳重文要求柯文哲承諾全力禁止美豬進入北市，還要求柯文哲簽署承諾書，不過，柯文哲因對承諾書部分要點仍有疑義，並未簽署。對此議題，柯文哲下午受訪再度表示，美豬不是他能決定的。
對於為何上午遲遲不願簽署承諾書，柯文哲回應，這就是他要寫清楚，他說，自己每次就會想到他的大師兄-前衛生署長林芳郁，柯文哲指出，當初林芳郁在立法院為了三聚氫氨下台，結果後來政府通過標準，就是他（林芳郁）的標準，「這不是很好笑嗎」？
柯文哲表示，政策有3項原則，民意、專業以及價值，他說，作為醫生，專業自己當然很清楚，但他認為「美豬是政治問題，不是專業問題」，「如果老百姓不管什麼理由都不要（進口），我們（市府）當然遵守老百姓意見」。
另外，前總統陳水扁收到正副總統就職國宴邀請函，是否能夠出席也引發外界關注。媒體就此議題詢問柯文哲時，他先遲疑了一會，還反問「他（陳水扁）真的有接到？」，又說「哇！很難回答，這個不在談參（談話參考）裡面，無法回答」，提問隨即被一旁幕僚打斷。
