總統府將設置新南向辦公室，由前外長黃志芳擔任主任，遭國民黨立委質疑位階法源，更批評此舉代表要跟中國抗爭。對此，準總統府發言人黃重諺16日表示，如此任務編組是展現準總統蔡英文對新南向政策的重視，相關做法在扁、馬政府任內行之有年，主要工作是政策協調，政策執行仍以行政院相關單位為主，不是黑機關，更無所謂架空的問題。

黃重諺表示，外交與對外經貿戰略的擘畫是總統主要職權，「新南向政策」則是蔡英文提出的重大對外政策，總統府設置這樣的任務編組，是展現蔡總統對這項政策的重視，類似任務編組例如馬總統在總統府設置的人權諮詢委員會、行政院內部設置食安辦公室等，外交部的APEC小組等相關做法，行之有年。民進黨上次執政時也曾設置總統經濟顧問諮詢委員會、總統府憲改辨公室等功能性取向的任務編組。

黃重諺表示，辦公室的主要工作是政策協調，相關作業原則與編組都符合中央機關組織基準法的規定，與各機關相輔相成，政策執行仍以政院相關單位為主，不是黑機關，更無所謂架空的問題。

黃重諺指出，這個任務編組的成效與未來發展，重點在於主事者的決心與能力，相較於舊南向只注重加強對東南亞經貿投資，新南向強調以人為核心的台灣新經濟戰略，是產業、人才、觀光、文化、教育全方位的雙向交流，因而有此任務編組。

對於國民黨立委賴士葆質疑新南向辦公室政治意義大於實質，代表要跟中國抗爭。黃重諺表示，該說法純係無謂的政治口水，不值一駁。