針對這次院長遴選爭議,中研院11日致函總統府與立法院解釋,並稱「有股紛擾背後力量,意圖造成重啟院長遴選程序的議題」。總統府秘書長曾永權12日上午正式函復中研院,表示「遴選新任院長過程,於法尚無不合」。

總統府發言人陳以信12日表示,中研院分別致函總統府與立法院,就該院院長遴選辦法之解釋疑義提出書面說明,曾永權已於上午正式函復中研院,函中表示:「貴院此次依評議委員會會議規則相關規定遴選新任院長之過程,於法尚無不合,復請查照。」府方同時以副本知會遴選名單中之3位候選人。

中研院的書面說明指出,回顧這次院長遴選過程與結果,意外發生外界的諸多紛擾,或將院長候選人名單公布,或質疑評議會臨時更改投票方式,導致選舉無效,或進行人身攻擊,意圖使候選人新生憤怒與畏懼而自動放棄。

中研院認為,種種作為皆顯示,要造成重啟院長遴選程序的議題,而紛擾背後的力量,會成為主要的受益者,這樣的結果與一個進步社會所標榜的公理與正義大相違背。