中研院長遴選風波不斷，總統馬英九日前准辭翁啟惠後，表示將在近日決定中央研究院院長人事。對此，民進黨發言人阮昭雄12日表示，政府已進入看守期最後階段，倉促間決定重大人事，不僅憲政爭議難免，也恐怕引發社會不必要的紛擾，斲傷中研院崇高聲譽，希望馬英九慎重考慮。

針對中研院部份院士要求退回院長遴選名單一事，總統馬英九接受媒體訪問時表示，雖然過程有瑕疵，但好像沒這麼嚴重。時間允許的話，會跟下一任總統當選人蔡英文商量、交換意見，請教她，然後再做決定。

阮昭雄指出，中央研究院是我國最高學術機構，院長人選的圈定是重大人事決定，也攸關中研院穩健運作。現在距離政權交接僅剩5個工作天，行政院也在上午總辭，政府已進入看守期的最後階段，中研院院長這樣重大的人事倘若倉促間決定，不僅憲政爭議難免，也恐怕引發社會不必要的紛擾，斲傷中研院崇高聲譽，希望馬英九慎重考慮。

對於有媒體報導蔡英文屬意候選人廖俊智一事，阮昭雄說，蔡英文並不認識3位被遴選的院士，對於中央研究院院長人選問題，一切尊重制度及相關程序，尊重並確保國家最高學術機構的超然與獨立。