台灣收到WHA的邀請函中被加註「聯合國2758號決議」、「一中原則」，引發新、舊政府兩極反應，最終寄出2封回函給WHO秘書處「各表」立場，自家人相互打臉鬧上國際。對此，準政院發言人童振源10日表示，馬政府認為他們要有正式回函給WHA，但是，對於新政府的立場無法充分說明，索性建議新政府提供第2封回函說明，並附上邀請函名單。

總統馬英九9日召開國安高層會議定調以「九二共識、一中各表」回應，新政府則堅持出席大會要與一中脫鉤。最終，外交部轉交給WHO秘書處2封回函，一封由現任衛福部長蔣丙煌署名，闡述馬政府過去8年的兩岸政策立場，另一封由準衛福部長林奏延署名，強調邀請函不必連結一中原則。

童振源重申，台灣參與國際組織不該受到任何政治框架限制，出席WHA攸關國民健康衛生權益，也是世界防疫體系不可或缺的一環，不希望有任何政治框架加諸在台灣的參與上。