前副總統呂秀蓮4日出席國史館「非典型副總統呂秀蓮」新書發表會，她在新書簡介中透露，她在1999年與2003年搭擋參選時，經歷過2次內戰，「早在年初阿扁就與我表白約定，只因內外在情勢考量，必須保密到年底，致使阿扁深陷蘇、蔡、呂、游、葉的爭風吃醋拉鋸戰。我不忮不求，卻也看盡人性美醜和成敗得失的無奈。」
對這段文字，呂秀蓮會前受訪表示，「這不是很重要的事情」，提名副總統都有一些過程，當時黨內認定會連任成功，而副總統應該會成為2008年總統，所以競爭相當激烈，阿扁很早就跟她表達（搭擋）意願，過程中接受非常多壓力跟煎熬。
呂秀蓮也爆料，當時某一個財團負責人因為曾受她批評，不應該要併購台北市銀，而遷怒於自己，因此寄雙掛號信到總統府干擾她連任。呂秀蓮提醒，新政府執政要徹底擺脫政商關係，像阿扁信守承諾、有為有守。
有關林全內閣性別比例不平衡，引來婦女團體不滿，前國策顧問、婦運領袖李元貞甚至婉拒出席國宴，曾參與婦運的呂秀蓮認為，婦女團體是針對有組閣權的林全來發聲。她認為，台灣也進入女性領導新世代，接任閣揆的人卻沒有一點歷史感。
呂秀蓮強調，她不認為一定要為女性怎麼樣，「女性有沒有做好準備？我只是希望在國家選才時，性別不要成為一個重要因素。」所以她打算成立國際婦女領導學院，培養更多有能力、有信心的女性。
呂秀蓮說，林全必須在很短時間組成內閣，這是制度面問題。大家對這次內閣名單不滿意的話，底下的國營事業全部是掌管金庫，她建議就用公開徵選的方式決定人選。
根據《新台灣新聞週刊》2003年報導，阿扁副手呼聲最高的5人諧音「蔬菜旅遊業」，分別為蘇貞昌、蔡英文、呂秀蓮、游錫堃與葉菊蘭。
