針對國家資通安全中心即將於4月1日掛牌，多名立委21日提出質疑，有的認為不應趕在520前掛牌，批評是人事卡位；有的認為這只是把資策會人員整個搬到資安中心；有的則質疑旋轉門條款規範非常鬆散，無法防範國家機密外洩。對於相關爭議，立法院司法及法制委員會通過決議，國家資通安全中心於2016年5月20日前新聘人事全部凍結。
立法院司法及法制委員會21日邀請行政院秘書長簡太郎、科技部長徐爵民等人就國家資通安全中心籌備情形進行報告。
科技部報告指出，資安中心依組織章程，組織架構分成5個業務功能組，預算人力130人。在執行技術服務中心工作之人員，都須簽訂保密切結書，並依「台灣地區與大陸地區人民關係條例」與「台灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法」相關規定及實務需要，針對特定人員實施入出境管制。
對於旋轉門規定，科技部指出，現在技術服務中心員工離退職一定年限內，不得任職與技術服務中心業務性質相同或類似之陸資或陸資投資事業。人員移轉到資安科技中心後相關管制作業仍將持續辦理。
有關掛牌時程則引起爭議，民進黨立委蔡易餘表示，「有需要趕著4/1掛牌成立嗎？」他認為，趕在1月成立、4月掛牌，只是趕在520前安插人事，因為每個董監事任期就是3年，要卡這個位子。
不過，簡太郎備詢時表示，資安中心只是把原來行政院資通安全會報技術服務中心給予行政法人化，掛牌不宜再延。而科技部長徐爵民也說，他們沒有急著掛牌，只是按照程序在走。
而民進黨立院黨團總召柯建銘也針對掛牌時程認為，掛牌只是按照去年設置條例通過後，行政院核定1月20日開始運作，掛牌只是新的中心成立，必須掛牌，這些是照著程序在走。「4月1日掛牌是依照法律而來的。」
由於之前的技術服務中心多是委由資策會辦理，民進黨立委尤美女表示，行政法人化本是要讓用人鬆綁，結果卻還是把資策會的技術人員一起搬到資安中心，這是換湯不換藥。
尤美女質疑，資安這麼重要的事情，為什麼不是由政府機關直接負責？簡太郎則說，政府機關會比較僵化。他說，若是民間機構沒有公權力，但政府機關又會僵化，所以取政府與民間的優點採用行政法人化。
對於資安中心保密機制，立委顧立雄也提出質詢。他說，違反國家機密當然用《國家機密保護法》規範，由刑法處置；但「你要抓到他洩密，這何等困難？」如果資安中心員工離職了，現在去陸資企業任職，那怎麼辦？政府部門想的只是避免用人的僵化，但付出的代價就是國家機密可能會洩漏。
對此簡太郎則說，他同意這個觀點，將來會研討如何在契約裡防堵、規範。
