在公元2000年時遭當時的董事長、前行政院秘書長張有惠透過變更章程掌控的台灣糖業協會，歷經16年爭訟，才在法院判決確定、台糖持法院決凍結其帳戶資金後，糖協才妥協並與台糖於15日交接財產清冊，台糖董事長陳昭義表示，依據清冊，糖協總資產為新台幣46億元，台糖將逐筆清點財產清冊，希望能在520前完成。
台灣糖業協會遭前行政院長蕭萬長任內的政院秘書長張有惠在2000年政黨輪替前夕，透過變更章程方式涉嫌侵吞讓政府捐贈的糖協變為私人所控管的金庫，如今歷經16年爭訟，終於在國營會見證下，正式點交回歸台糖，政府終於拿到睽違已久的糖協財產清冊。
張有惠長期追隨蕭萬長，被外界普遍視為蕭萬長人馬。張有惠仕途平步青雲，也是拜蕭萬長之賜。蕭任經濟部長時，張是經濟部國會聯絡人。1997年蕭萬長組閣時，更將張有惠自台糖董事長拉拔到行政院擔任左右手。2000年，正當政黨輪替前夕，糖協召開董事會，決定修改捐助章程，將章程中規定的董事人選由台糖指派改為由糖協聘任，此舉居然獲得經濟部核備，之後再向台北地方政府申請變更捐助章程成功，糖協自此開始脫離政府的掌控，淪入張有惠等人操持。當時的經濟部長是王志剛。
經外界質疑此舉形同公產變私產，經濟部始由原先的遲疑不決，繼而展開追討。2015年2月法院裁定同意台糖變更武智基金會捐助章程，並將名稱改回糖業協會，但武智基金會不服提出抗告，隨後抗告遭法院駁回，台糖方得以重掌糖協並派任董事，不過，並未取得資產清冊等資料；直到這次大選後，政黨即將再輪替，糖協終於同意與台糖15日在國營會見證下，舉辦交接儀式，糖協的財產清冊才終於曝光。
根據中央社報導，陳昭義16日表示，剛開始糖協（武智基金會）還是不願意交出資產，一直到台糖拿著法院裁定書到各銀行凍結其所有帳戶，糖協（武智基金會）斷炊，才願意交出財產清冊。但15日雙方仍因員工權益進行律師攻防戰，花了很長時間終於拿到清冊。台糖董事長陳昭義表示，目前資產是否如帳面數字還有待進一步清查，查清後將儘快向立院提出報告。
