流感疫情大爆發，衛福部遭批「擺爛、不調度」惹民怨，總統馬英九7日召開國安高層會議，邀集副總統吳敦義、行政院長張善政、國安會秘書長高華柱、衛福部次長許銘能、疾管署副署長周志浩，以及相關部會首長，研商因應策略與措施。對於醫療病床調度不足之處，馬要求衛福部採取各項紓解作為，以求立即有效解決調度問題，「千萬不能掉以輕心」。
針對這次流感疫情在醫療體系延伸出的各項困境，馬英九在會議中要衛福部務必記取經驗，持續密切掌握醫療需求及執行成效，確實通盤檢討，儘速建置更妥適的醫療資源的預警與調控機制，以因應未來任何可能突發的緊急醫療需求。
張善政會中也表示，他已要求行政院副院長杜紫軍與衛福部長蔣丙煌，在這波流感疫情獲得控制後，立即著手建置新的醫療資源管控系統。
衛福部表示，這波流感疫情是已知的病毒型別，並非新型病毒所帶來的流行，已就流感疫情的整備量能，持續掌握、調度及使用流感疫苗、流感抗病毒藥劑等防疫物資，並依「流感疫情高峰期應變作戰計畫」，持續因應疫情高峰期的防疫需求，嚴密監測疫情發展，辦理擴大公費流感抗病毒藥劑適用對象、增設藥劑配置點及急診壅塞紓緩措施等相關作為。
