台大醫院胸腔科醫師陳冠宇2006年投稿到「Cancer」（癌症）期刊論文，當年底被指為涉嫌抄襲；在他根據審查意見修改後，「Cancer」期刊於2007年8月20日刊出此文。對於8年後，論文抄襲事件因陳建仁擔任蔡英文副手再被提起，陳冠宇17日中午受訪時表示，他現在不想也不方便表示意見。不過，對於共同作者的部分，台大醫院倫理委員會當年建議，「由醫學院院長與附設醫院院長共同署名函知其他共同作者之服務機構，以為提醒。‥‥‥」。
專攻胸腔科腫瘤研究的台大醫師陳冠宇，於2006年將「Hormone replacement therapy and lung cancer risk in Chinese」（荷爾蒙替代療法與中國女性肺癌風險）一文投稿國際著名期刊「Cancer」。除了陳冠宇擔任第一作者外，其餘共同作者還包括，蕭金福、張基晟、蔡熒煌、蘇五洲、彭瑞鵬、黃明賢、熊昭、陳建仁、楊泮池等人。豈料，論文還沒登出，期刊編輯即去函表示該篇論文有抄襲之嫌。
對於被指為抄襲，時任國科會主委陳建仁曾針對中國時報社論「又見次長涉案，再談責任政治倫理」（2007/8/10），刊載「國科會主委自己是論文抄襲案的主角，其學術倫理委員會對中興大學的倫理案大開鍘刀，祭出停權多年之處分，卻對主委涉案不敢聞問」等批評，對余建新、夏珍等人提出誹謗之訴。
不過地院認為，該社論文字內容，「顯有依據，並非憑空杜撰」，「主觀上，難認被告有誹謗之故意，客觀上，亦難認被告所為係指摘或傳述不實之具體事實之行為」，判決被告無罪。
而根據台北地院2008/1/31判決文指出，「國際知名期刊Cancer雜誌執行編輯Angela Cochran於2006年12月6日函國立台灣大學醫學院附設醫院副院長蔡克嵩教授表示，該雜誌認定案外人即國立台灣大學醫學院附設醫院內科主治醫師陳冠宇所撰，楊泮池教授指導，投稿至該雜誌之論文『Hormone Replacement Therapy and Lung Cancer Risk in Taiwan』手稿有抄襲之嫌，要求國立台灣大學醫學院附設醫院處理，該篇論文經修改後投稿，獲准刊登於Cancer雜誌，而自訴人（按：陳建仁）因於研究計畫進行之同時，參與研究並給予研究方法之建議，而被列名為該研究論文之共同作者等事實，亦為被告等於本院審理中所不爭執，並有Cancer雜誌於2007年6月14日告知楊泮池教授接受刊登電子郵件」。
地院指出，「國立台灣大學醫學院96年12月14日（九六）醫人字第3739號函所檢附國立台灣大學醫學院95年學年度第一次學術倫理案件審議委員會會議紀錄內記載『‥‥‥審議事項：案由：本學院附設醫院報來內科陳冠宇醫師投稿被認定抄襲及該院處理情形案，提請審議。說明：（一）Cancer雜誌於95年12月6日來函表示該雜誌認定陳冠宇醫師所撰之稿件有抄襲之嫌，並要求台大醫院處理‥‥‥。（三）本案業經附設醫院第123次研究倫理委員會審議決議如下：經委員會各委員充分討論後，認定本案件在introduction和部分method已引用相關文章，文章的結果及結論並不相同，但是英文有抄襲之事實。‥‥‥決議：經在場委員充分討論後，決議如下：（一）本案第一作者陳師所涉抄襲英文成立，但顯非故意，情節不重，又本案投稿論文未曾作為渠本次升等之代表著作（主論文），或參考著作，因此爰依『本院學術倫理案件審議委員會設置辦法』第8條第3款規定給予處分，陳師5年內不得提出教師新（改）聘及升等之申請。‥‥‥（三）‥‥‥並應向被抄襲者致歉』」。
至於共同作者部分，倫理委員會指出，「除由附設醫院研究倫理委員會通知其他共同作者相關處置及注意事項外，本會建議由醫學院院長與附設醫院院長共同署名函知其他共同作者之服務機構，以為提醒。‥‥‥」。
對於這段往事再被提出，陳冠宇表示，不方便，他沒有辦法發表評論。對於當年被指控論文抄襲，他現在不想、也不方便回答這些問題。
