台北市當選人柯文哲今天拜會宜蘭縣長林聰賢後表示，雙方對於北宜直鐵案達成路線最短共識。但最早北宜直鐵方案因為太靠近翡翠水庫集水區，早於2006年5月19日進行環保署環境影響評估時，便遭到否決，才會出現目前的第二方案。如今柯主張的最短路線，是直接穿過大台北水源的翡翠水庫集水區，要通過的難度顯然更高。
此外，許多環保團體認為，根本不應該興建北宜直線鐵路，看守台灣協會祕書長謝和霖即認為，台北到宜蘭有雪山隧道，搭客運已相當快捷，不應再建鐵路破壞環境。柯文哲參選時曾邀擔任市政顧問的爸爸非核陣線發起人李卓翰則認為，北宜直鐵案牽涉題很廣，環評不是市長一人說說就可以通過的。李卓翰說，未來若有機會，會再找機會與柯文哲溝通。
台北市長當選人柯文哲今天到宜蘭拜會縣長林聰賢，兩人會後說，不放棄爭取北宜直線鐵路最短路線，但因最短路線可能涉及翡翠水庫環境影響評估問題，他們認為可由專業解決。
最早的北宜新線鐵路興建規劃案，路線是從頭城、平溪到南港，因為太靠近翡翠水庫集水區，早於2006年5月19日進行環保署環境影響評估時，就已遭到否決，環保署環境影響評估審查委員會當時並作出北宜新線鐵路「不應開發」決議，建議另尋替代方案，退回北宜新線鐵路開闢計畫。
翡翠水庫管理局當時評估，根據雪隧的經驗，開挖後，1996年至2004年間的水質達優氧化程度，即使雪隧完工後水質依舊沒有大幅改善，近兩年才逐漸恢復雪隧動工前的水準。若北宜直鐵經過集水區12.3公里，將帶給大台北地區15年以上用水黑暗期。因此北市府也堅決反對。連只是接近水庫集水區的路線都遭到反對，如今，柯文哲主張採取穿過翡翠水庫最短路線，其困難度可想而知。
2010年，時任交通部長的毛治國同意投入新台幣近千萬元，重新規劃替代路線（分三段整建方案）進行可行性評估；鐵工局修正後，於今年四月提出新方案，改為從頭城、大溪、雙溪到南港，整條路線往東北方移動，遠離水庫集水區，也就是後來出線的「方案二」。
根據這項方案，目前規畫將開挖一條21.6公里的長隧道，不僅超越雪山隧道成為台灣最長的隧道，還足足多出8.7公里，在世界鐵路隧道排名也名列第11名。
