總統府國安會秘書長金溥聰遭爆料，分別於本月4日和6日兩天率領國安局長李翔宙等相關人員，巡視第一線的情治機關調查局及警政署，引發濫權指揮情治機關、破壞情治分立原則的爭議。國安局對此則發表聲明指出，金溥聰此次赴各機關，僅為瞭解國家安全情報工作現況，並未涉及各機關法定權管工作，報導說法絕非事實。
根據風傳媒6日報導，總統府國安會秘書長金溥聰當天下午率領國安局長李翔宙等相關人員，前往警政署視 察並聽取業務會報，金溥聰在4日下午也以同樣的方式前往新店調查局本部視察。
據指出，同樣是國安會秘書長，馬英九總統任內第一任國安會秘書長蘇起，2008年曾陪馬赴調查局視察；前任的袁健生則未曾到過調查局，蘇、袁兩人均遵守被動接觸分際。至於前國安會秘書長胡為真，則因曾參與情治協調會報及出席調查局國內輿情會報，被批評不尊重情報體制。
根據《國安會組織法》規定，國安會為總統決定國家安全有關之大政方針之諮詢機關，處理國防、外交、兩岸關係及國家重大變故之相關事項；秘書長承總統之命，依據國家安全會議之決議，處理會務，並指揮、監督所屬職員。
自由時報今天也引用知情人士說法，指由於國安會屬於總統的幕僚單位，負責國家大政方針的擬定事宜，國內的情報機關無論是舉行情治協調會報或是國內輿情會報等情報會議，依法是由法定的國家安全局來負責召集開會。國安會基於依法行政的原則，都是由國安局提供所需資料給國安會，若有不明白之處，再協調國安局派專人向國安會提出專報。亦即國安會屬幕僚機關，而秘書長為幕僚長，並無介入第一線業務的權限。
國安局對此則發表聲明說，基於法定職則，安排金溥聰此次赴各機關，僅為瞭解國家安全情報工作現況，並未涉及各機關法定權管工作，報導「破壞情治分立及濫權」說法絕非事實，
國安局聲明說，近期國內接續發生多起震撼社會民心的重大事件，加上兩岸互動頻繁深化，潛存國安風險，國安團隊為因應社會情勢變化及強化情報部署，現有工作能量亟待檢討整合、強化。因此，基於法定職責，特安排國家安全會議秘書長金溥聰赴各情報機關及視同情報機關聽取簡報，藉由瞭解各機關現行在國安工作上面臨的困難及工作需求，協助爭取解決，期能提升國安工作能量，達成精、準、快的情報效能。
