環保團體27日發起占領忠孝西路行動，到今(28)天凌晨2點50幾分，警方開始進行強制驅離，不僅用手抬離群眾，也出現鎮暴警察動用棍棒毆打民眾現象，更出動噴水車至少向群眾噴水45次以上，將路上的民眾往中山南路方向逼退。群眾則以游擊戰的方式和警方周旋，到上午八點之前，還留在現場的群眾多數已經撤退到總統府前的凱道前集結。
在台北市長郝龍斌下令清晨前全面驅離，方仰寧親自坐鎮指揮下，台北市警方28日凌晨2時50分，開始以優勢警力與強力水柱，驅離反核示威群眾，清空忠孝西路。3時左右，太陽花學運總指揮林飛帆和陳為廷被抓上警備車。
5時10分，忠孝西路已可讓車輛通行。5時40分，在中山南路與忠孝東路口維持秩序的公投盟召集人蔡丁貴教授和台大哲學系學生洪崇晏，也被警方抬離。
根據全國廢核行動平台在臉書上公布，28日凌晨2時40分，警方鎮暴水車從館前路開出。2時50分起，警察開始噴水，隨後陸續噴了6次，大約3時30分，躺在地上約1百名民眾全數抬離。
之後警方水車重新裝填水，民眾重新集結在忠孝西路上，高喊「落實民主、停建核四，還權於民」，呼籲警方停止使用暴力。3時45分，警方又再次下令噴水，主持人崔愫欣呼籲民眾注意自身安全，並宣布今天佔領行動已經成功，若民眾身體不舒服，可以先回凱道，佔領行動還沒結束。
隨後約20名鎮暴警察突然衝向新光三越前，拆除主辦單位海報，並且抬走擴音器，但主辦單位立即又拿出新的擴音器。崔愫欣當場強調，現場隨時有可能被消音，她請民眾慢慢後退，不要落單，別和警方起衝突，也呼籲警方停止使用暴力。
根據民視新聞報導，凌晨3時左右，林飛帆和陳為廷被抓上警備 車。陳為廷5點多在臉書發文「天亮，人還在警備車上。」林飛帆也貼出和陳為廷在警備車上的照片報平安，他表示，「我們平安，但台灣並不平安。」
根據台大新聞E論壇報導，在清空忠孝西路的過程中，出現警察打人的狀況。現場民眾大喊「5929警察打人」，表示一位編號5929的鎮暴警察以短棍毆打民 眾。6時左右，霹靂小組毆打民眾，並試圖以警棍攻擊公投盟的指揮車輛但未成功，現場發生嚴重拉扯。霹靂小組之後已停止打人，民眾情緒激動，大罵警察。
台大新聞E論壇在臉書上即時報導，6時左右警方在忠孝西路與中山南路口持續拉人，公視記者也被警察試圖拉出警備圈外，他向警方表示自己正在工作，但仍被拉 離。資深政論家林保華因推擠而昏迷，已被送往台大醫院。6時55分，警方第45次噴水。
