雖然綠營對於行政院自由經濟示範區方案持有疑慮，但台南市長賴清德今（30）日卻積極向到訪的經建會主委管中閔喊話，爭取將安平港納入自由經濟示範區，以活絡台南港務與經貿發展。
對此，管中閔回應，為平衡南北發展，經建會有意加速南部經濟發展，對於此案持樂觀其成態度，樂見台南有更好發展。今日聽取簡報後，下一步將先促成安平港成為自由貿易港區，再與交通部研擬可行方案，加速推動安平港成為自由經濟示範區。
賴清德指出，昨日與交通部長葉匡時會面時，已向部長提出將安平港納入自由經濟示範區的想法，並當面獲得部長贊同與支持。可惜的是，目前港務公司僅提出四鯤鯓納自由貿易港區計畫，對於安平港內極大腹地，仍是原地踏步，缺乏整體規劃，促港務公司儘速擬定方案，積極協助安平港成為自由經濟示範區。
市府經發局簡報指出，台南具多項優勢，包括工商業發展成果亮眼，2012年生產總額2兆5,517億5,281萬元，其中出口額為6,055億9,987萬元，佔24%；多項農產品產量居全國之首，具「新農業」發展契機；農漁業產量豐富；觀光資源豐富，景點旅次2,000萬/年，觀光縣市票選第二名；醫美觀光等，推動安平港自由貿易港區，可大幅提升台南市國際物流機能。
因此，經發局認為，台南產業需要自由經濟示範區以提升競爭力，包括推動安平港自由貿易港，提升台南國際物流機能；提升台南地區核心產業的關鍵競爭力；促進南部地區和中國大陸的經濟互動和民間交流；提高台南地區國際快遞競爭力；加速國際醫療特區的成形等。
經發局指出，安平港納入高雄港成為自由經濟示範區，不但可以發揮安平港營運優勢，扶助高雄港強化全球競爭力，還可利用冷鏈物流系統與高價值農業產能，拓建農產品加值運銷中心，並搭配基礎建設與醫美生活機能，打造觀光醫療中心，結合深層加工區位與研發創新動能，開發南部創新整合中心，進而吸引投資，帶動地方經濟發展。
經發局進一步指出，港群經營已經港為港埠管理的顯學，而安平港向來為高雄輔助港，因此，希望以「港群」概念，發展高雄安平港群，讓安平港扮演高雄港輔助港角色，列入高雄自由經濟示範區，以達到分工合作及互補效益。此外，安平港周邊具極大腹地，也可作為高雄港的延伸基地。
