行政院組織改造方案規劃將農委會的林務局、林試所等單位，劃編入環保署升格後的環境資源部，然而卻傳出農委會運作要在升格後的農業部中設立林業司，環保團體今（15）日下午召開記者會表達反對立場。環保署與林務局代表異口同聲表示，絕對支持目前行政院規劃版本，但也尊重立法院最後做出的決定。
蠻野心足生態協會、地球公民基金會等環保團體，今天下午協同民進黨立委田秋堇、林淑芬、親民黨立委張曉風召開記者會，批評農委會打算推動在組織改造後設立林業司，掌管造林、森林遊樂區管理等經濟事務，根本是讓組改「倒退嚕」，也違背山林水土不分家的原則，應該尊重目前規劃，由環保署升格後的環資部整合掌管。
台灣蠻野心足生態協會秘書長林子淩指出，環資部本來就要納入原本農委會的林務局及林業試驗所，成立森林及自然保育署、森林及自然資源試驗所，掌管所有自然資源的保育，森林資源自然也是其中一環，沒想到農委會卻打算設立林業司，要把林務局及林試所業務及人力「留在農業部」，據說明天農委會主委陳保基與環保署長沈世宏就要去拜會行政院副院長江宜樺遊說此事。
地球公民基金會政策研究員蔡中岳表示，過去台灣林業政策混亂，背後元凶就是林務局與林試所，包括荒謬的造林政策：先毀林、取木出售、種植小樹，造成不少生態浩劫，尤其近年來不少山林天災，根本就是森林保育失敗的結果，其實都是人禍，林務局等單位難辭其咎。
綠色陣線協會常務理事林長茂則舉石門水庫為例，指石門水庫每年編列大筆預算整治，然而還是有嚴重的藻類大量增生產生的藻華現象，問題源頭來自水土保持不良與高山農業，許多林地被改編為農牧用地，甚至發展休閒產業，造成土壤流失、肥料被沖入水庫中，這都是農委會等單位失職的結果。他痛批，如果林務局繼續留在農業部，那台灣的環境一定完蛋。
田秋堇則說，環境資源部的設立是環保團體爭取多年的結果，也是這次組改中最沒有爭議、朝野社會有共識的案子，沒想到現在出現變數。她強調，並非看不起農業部，而是過去的農委會乃至於升格後的農業部仍然以農業經濟專家為主，觀念上仍然停留在開發重於保育，林務局如果還是留在農業部，那組織改造恐怕白忙一場。
對於環保團體的憂慮，環保署綜計處長葉俊宏專程到場安撫，他說環保署絕對支持行政院目前送進立法院的組改方案，也就是林務局、林試所納入環資部，不過對於立法委員最後的決議，環保署也會表示尊重。林務局集水區治理組組長王昭堡也說，支持政院版本，但如果立院最後審議結果有異，林務局也會尊重。
