2009年7月25日六輕發生工安意外，火勢延燒3天才告撲滅，雲林縣政府質疑造成周邊養鴨場2500隻雛鴨死亡以及魚塭魚貝類死亡，對此，環保署今（1）日下午召開「六輕工安事件調查報告書」專案小組審查，台塑認為，沒有科學證據可以證明工安意外與雛鴨死亡有關；雲林縣副縣長施克和反駁，六輕污染眾所皆知，希望台塑不要罔顧事實，「如果大火燒出黑煙40小時不算對環境有影響，那不如每年燒個4天，讓空氣充滿愉快的氣氛」。最後，環評委員決議，確認六輕工安意外對附近環境造成不良影響，並要求六輕必須提出因應對策。
環保署今天下午召開「台塑石化麥寮一廠煉製二廠工安事件環境影響調查報告書」專案小組審查會，針對2009年7月25日六輕火災工安事故的汙染調查報告進行討論。台塑指出，根據六輕在廠區、周邊取樣土壤、放流水、魚塭水質等，都沒有異常情形，魚貝類的解剖化驗結果也呈現體內重金屬含量符合衛生署標準，因此，六輕工安意外與鴨隻死亡沒有因果關係，欠缺科學證據證明。
台灣水資源保育聯盟發言人陳椒華指出，2年前六輕發生重大工安意外，大火延燒40小時才被撲滅，燃燒掉584噸重油。她進一步表示，7月25日發生大火後，26日開始吹西南風，而養鴨場位於六輕東北方，恰好27日凌晨1時下起大雨，雨水把燃燒的煙塵及酸性物質帶到養鴨場，造成雛鴨死亡2500隻，兩者之間絕對有關係。
麥寮鄉民楊明同表示，2009年7月25日發生大火當天場景非常恐怖，村長廣播說要大家趕快整理行李逃難，「這真是麥寮人的悲哀！」他還說，六輕廠區爆炸的聲響非常大，就跟F-16戰鬥機引擎呼嘯而過一樣大聲。他強調，爆炸第2天自己魚塭就死了5千斤，鴨子也不只死了2500隻。
雲林縣農業處指出，根據檢測水產內含重金屬每種都有，尤其銅的含量特別高，達到白老鼠致死量的5倍。施克和強調，縣府對六輕開罰遭台塑告上法院，但最高行政法院認定六輕污染屬情節重大，六輕怎能否認污染的事實？他語帶諷刺的說：「那不如每年燒個4天，讓空氣充滿愉快的氣氛」。
台塑石化協理吳宗進強調，對於六輕造成污染感到抱歉，台塑已經進行公共管線的更新，但在資料的部份，台塑絕無造假的可能，「我們寧可被責罵，也從不造假！」此語一出，引發現場群眾激動，鄉民拍桌大罵台塑公然說謊，「我們每天燒3柱香祈求六輕不要爆炸，否則我們逃都沒地方逃」。
最後，經過環評委員討論決議，確認六輕工安意外對附近環境有不良影響，並且也決議依《環境影響評估法》第18條第3項，要求台塑提出對環境造成不良影響的「因應對策」。按此結論，台塑必須調查六輕對環境不良影響進行調查，做出4季的監測資料，建立因果關係及背景值。
