中央研究院自由學社、台灣守護民主平台、台灣高等教育產業工會及台灣人權促進會等單位14日共同發表連署聲明「搶救危機邊緣的學術自由－台灣知識界與民間團體針對學術自由的聯合聲明」，要求馬英九總統在520就職之前，必須明白宣示，政府反對財團透過政治力與司法手段迫害言論自由，同時徹查調查局是否濫用職權。他們同時抗議國民黨籍立委蔡正元，藉學者專家關心社會事務發言，揚言刪除學者所屬機構預算。
該聲明提出2項訴求，包括：馬英九總統應在520就職前，明白表示反對財團透過政治力及司法手段侵害學術自由、打壓言論自由，並以國民黨主席的身分，嚴格約束和檢討國民黨籍立委蔡正元的行為。其次為，行政院長陳冲應徹查調查局是否濫用職權，並宣示行政部門不得侵害學術研究及言論自由。
聲明中指出，近來不斷出現政治力企圖打壓公共言論空間的事件，讓台灣面臨「政客與財團結合」的大危機，透過立法濫權、行政監控、司法箝制，使台灣變成「噤聲的國度」。例如調查局主動「關心」批判政府政策的學者及民間團體；以及蔡正元在立院質詢時，因黃國昌副研究員批評旺中媒體併購案，而揚言刪除中研院法律所預算。
聲明內容引述蔡正元的話指出，旺中合併案是「人家商業競爭，干你黃國昌什麼事。」依同樣的邏輯，「進口瘦肉精美牛，干學者什麼事」，「國光石化，干學者什麼事」，「農地徵收、都更迫遷，干學者什麼事」。政治參與是公民的基本權利，並非由政客壟斷。放眼台灣，在經濟、環保、公衛、媒改、性別平權、原運、農運、都市計畫等領域，都有一群學者無懼政治壓力，對財團不假辭色、秉持良知作出專業建言，這是公民社會難能可貴的資產。
聲明也指出，思想獨立與批判精神是學術工作的重要特質，學術工作者的專業表現，自有同儕社群的嚴謹評量，若任憑政治壓力罩頂，我們不知道這個國家還能如何侈談「爭取國際一流學者」，發展「頂尖大學？」
聲明強調，言論自由不能因為學者意見與政府、政客相違背，就動輒威脅相逼，否則已形同敲響公民社會的第一記喪鐘，並呼籲所有關心學術自主與言論自由的學者和公民站出來，全民共同保衛言論自由。
