行政院會今(26)日通過「所得稅法」部分條文修正草案及「所得基本稅額條例」部分條文修正草案（即證所稅課徵案），但在經過府院協商後，確實存在不少妥協痕跡，例如財政部原先堅持要課徵的「期貨交易所得稅」，個人部份變成「不予課徵」。而外界要求開徵證所稅後須減徵千分之三證交稅的部份，也被改為凡被課徵證所稅者，證交稅可減半徵收，對於這樣的版本，財政部長劉憶如表示，「不滿意但可以接受」。
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劉憶如表示，2個多月來，因為開徵證所稅所帶來的紛擾爭議，最後定案的版本雖然仍是以「量能課稅」為主要原則，但在綜合各相關部會的看法後，還進一步考量到稅收穩定、稽徵成本、市場衝擊和國際競爭力等4大因素，所以，她對於政院版證所稅的看法是，至少踏出「制度建立」的第一步。
而根據財政部原先的版本，在規範個人證所稅所得以及應納稅額的計算規定，出售持有滿5年以上股票之交易所得「減半課稅」，但今天通過的政院版則縮短為3年。
對於今天出爐的政院版證所稅，國民黨籍立委賴士葆表示，政院版證所稅方案比原本規劃的寬鬆，市場接受度可能會提升，但股市交易量可能受影響，政府必須努力說服投資者，讓投資者願意與政府站在同一陣線，而不像現在處於對立。同為國民黨籍立委曾巨威則對政院版表達遺憾，他說，看來政院已經做了妥協，在時間、金額、稅率上做了更寬鬆的決定，失去專業的堅持。
民進黨立院黨團幹事長潘孟安指出，馬政府的決策像天上月亮初一、十五不一樣，講跟做不同套，將等政院版送到立院再說，民進黨也會提出黨版證所稅修正草案。親民黨立院黨團總召李桐豪說，政院版是對財政部版本的退縮，量能課稅與賦稅公平已名存實亡、沒有太多實質意義，親民黨感到失望。
而針對今天出爐的政院版證所稅，國民黨中央政策會執行長林鴻池和民進黨立院黨團總召集人柯建銘都說，立法院本會期已經來不及完成修法。劉憶如則表示，或許還有部份法條需要和立委們做進一步的溝通，如果能趕在下個會期通過，還是可以在102年1月1日施行，103年開徵，至於，因證所稅開徵的影響人數約2萬戶，能增加政府稅收（個人加法人）約100億元。
今天出爐的完整修正條文，在個人證券交易所得部份，採修正所得稅法，按單一稅率分開計稅、合併申報，重點包括：1、自102年1月1日起，個人股票及私募證券投資信託基金受益憑證之交易所得，依所得稅法規定課徵所得稅。2、個人之證券交易所得，每一申報戶全年交易所得超過400萬元部分按單一稅率計稅，徵收率授權行政院於15％至20％間定之。凡繳納證券交易所得稅者，其課稅年度繳納的證券交易稅，可按其證交稅額之50％，於應納稅額範圍內減除。3、個人證券交易所得及應納稅額相關計算規定，含當年度證券交易損失減除及減除不足數後延3年、出售持有滿3年以上股票之交易所得減半課稅、成本計算一律採用先進先出法，但101年12月31日以前取得之上市(櫃)股票，得依101年最後交易日之收盤價（興櫃股票為成交均價）與原始取得成本兩者孰高認定。
另外，營利事業之證券及期貨交易所得稅，維持最低稅負制，惟調高稅率及調降扣除額，重點包括：1、營利事業自基本所得額扣除之金額，由現行200萬元調降為50萬元；並修正法定稅率由現行10％至12％調高為12％至15％。2、出售持有滿3年以上股票之交易所得減半課稅。
