「和平協議」已成為2012總統大選現階段藍綠最重要的攻防戰。總統馬英九17日提出「兩岸和平協議」，意在鞏固「不統、不獨、不武」的台海現狀，實現兩岸永續和平。民進黨主席蔡英文立即回應，批評馬總統為了選舉拿國家前途當賭注，未經深思熟慮拋出和平協議，是將台灣人民的未來推入政治險境。為此，馬英九更在19日進一步拋出「公投」議題，強調公投沒過，不會簽署和平協議，把這個議題推向高峰。
主動拋出兩岸和平協議，牽動政治敏感話題的馬英九首先定調表示，和平協議將基於「92共識，一中各表」原則，維持「不統、不獨、不武」來推動；未來10年內，視台灣人民需要，斟酌是否與中國簽訂和平協議，並沒有一定時間表。蔡英文則回應指出，馬英九的「92共識」，其實就是「一個中國」的前提，又要在10年的時間表內，推動一個具有高度爭議性的事情，只會讓原本對總統感到不安的民眾更加不安，造成社會更加分裂，是非常危險的事情。
至於如何推動和平協議，馬英九也提出3大前提。馬英九明確表示，推動和平協議必須遵循「民意高度支持」、「國家確實需要」與「國會監督」等3大前提，凝聚朝野共識，審慎斟酌是否洽簽。對此，蔡英文則批評，馬英九在過去處理兩岸問題上，並未尊重民意，強行過關，也未經國會監督，沒有透明化的基礎，令人難以期待未來他會有這些尊重民意，或讓國會有實質監督的會。
在凝聚國人共識上，馬英九更丟出「公投」。馬英九認為，和平協議的推動，將先交付公投了解民意所向。由於兩岸和平協議的簽署較ECFA涉及影響層面更廣，將以公投決定，公投沒過就不會推動簽署。對於馬丟出的「公投」議題，蔡英文則回應，馬總統在推動ECFA時反對公投，在和平協議的議題時，又因各方壓力說要公投，輕率、反覆，讓人擔心沒有能力處理兩岸重大談判。
蔡英文認為，馬總統冒然拋出兩岸和平協議，為了選舉拿國家前途做為賭注，將導致台灣面臨「犧牲台灣主權」、「改變台海現狀」、「危及民主價值」及「破壞戰略縱深」等4大危險。對於涉及國家定位的兩岸政治協商嚴肅課題，蔡英文強調不應成為選舉操作，並以黨主席身分提出民進黨的「3個堅持」，分別是「堅持主權」、「堅持民主」及「堅持和平」。
從雙英在這波「兩岸和平協議」議題的交鋒上，可以明顯看出，馬英九充分掌握了「發球權」，主導議題的走向，在這波攻防戰上先佔了上風。
