北北基聯測自今年首次試辦開始就爭議不斷，教育部常務次長陳益興今（24）日表示，經審核小組討論，因101年全國基測只辦一次，而北北基聯測又選擇與全國基測同天辦理，影響考生應試的選擇，而試辦計畫中對此部分並無回應，審查小組決議北北基聯測將不再續辦。而北北基三個地方政府則表示尊重教育部的決定。
陳益興指出，今天討論過程就法治、民意、教育專業、經濟以及政策等五大面向進行討論，而除了101年北北基聯測與基測同天辦理的因素外，考量到12年國教即將上路，明年將擴大高中職和五專的免試入學，免試名額須達55%，參加基測與聯測的人數會下滑，到時候可能會出現更多爭議。
最後，陳益興說，北北基聯測均符合相關法令規定，也符合教育部「考綱不考本的原則」，正因為如此，北北基聯測的題庫與全國聯測是可相容的，此外，經統計約有8成的民眾對北北基聯測的續辦表示不同意或保留態度，社會支持度是偏低的。因此經審查小組決議後，教育部對北北基聯測的續辦表示「未便同意」。
