民進黨立委管碧玲指出，世衛組織密函作業準則將台灣視為中國的一省，在野黨於立院猛烈批評。總統馬英九今（9）日表示，我國以觀察員身分、中華台北名義參加世衛，兩岸是以Minister平起平坐。

綠營在衛生署長邱文達率團參與世衛大會前夕爆出，世衛秘書長陳馮富珍辦公室在去年9月對世衛所有會員發出「世衛條例對中國台灣省之執行作業準則」秘密信函，將台灣定位為「中國的一省」。

馬英九今天在總統府接見紐約中華公所、駐美中華總會館、羅省中華會館回國訪問團時強調，「衛生署長收到的邀請函是寫著Minister of Health，他們在會場上都叫他Minister，大陸的Minister跟我們的Minister平起平坐，這是過去38年來沒有出現過的情況，我們為國家爭取到的尊嚴跟尊敬就在這個地方」。

馬英九說，他上任後致力於改善兩岸關係，目的是用協商消弭對立。他指出，前總統李登輝時代有54個國家給台灣免簽證，前總統陳水扁時變成53個，少了1個，現在是113個國家給台灣免簽，增加了60個，正是因為兩岸關係的改善，這也使得台灣變成和平的締造者。