中國一向要讓台灣人相信台灣人是純種北方漢人的後代，因為五胡亂華、魏晉南北朝的統治使台灣人祖先越過黑水溝到台灣島上。馬偕醫師林媽利指出歷史上的錯誤，從血液組織抗原研究發現，台灣人在基因上屬於南方的亞洲人，也是中國東南沿海原住民越族的後代。

中國的分子人類學家指出，中國境內分類從北到南25個地區，發現中國境內漢人可分北方漢人、中部漢人及南方漢人三個地區，地理差距越大，基因距離也越大。

透過血液的組織抗原研究，林媽利醫師在「女人來開講」節目指出，台灣的閩南人與客家人在血緣上幾乎一致屬於東南亞洲人，和北方漢人與北亞洲人在遺傳基因上有相當大的距離。

林媽利說，中國東南沿海一直到北越都屬於越族的範疇，五胡亂華或魏晉南北朝雖然讓不少中原漢人南遷，使部份中原基因滲入，但戰爭平息後，大部分南遷漢人又搬回北方。

越族因經濟利益生存考量所以漢化，林媽利表示在清朝越族又陸續遷移至台灣，在西海岸碰到屬於母系社會的平埔族，台灣人祖先就是「唐山公」與「平埔嬤」結合的故事，所以很多台灣人有平埔族的基因在身上。從她的研究顯示，台灣人並不是傳統上中原漢人的後代。

林媽利表示，大部分平埔族及高山原住民有相同或相近的血緣，這些共有的血緣大多同時與東南亞島嶼民族共有，簡化來看平埔族基因與2/3的高山原住民非常相似，1/3則來自東南亞民族。

林媽利指出，鑑定血液來源的意義在於每人都要知道自己的「根」在哪，台灣人身上留著並不是相同的血液，台灣人是漢化的越族，到台灣後與平埔族混血的後代。