據BBC新聞網指出，中國國家旅遊局在中日關係緊張之際發出警告，提醒在日本和準備赴日本的中國遊客注意出入安全。如中國遊客遇到緊急情況，可與中國駐日大使館或就近的領事館聯繫。華爾街日報則指出，此舉反映出兩個鄰國雖然做了緩和矛盾的努力﹐但中日關係依然緊張。

9月29日，中國遊客乘坐的遊覽巴士在日本福岡市中央區遭到日本右翼人士的襲擾。據日本《讀賣新聞報導，日本右翼人士對載著中國遊客的一輛遊覽車踢打並謾罵，持續了30分鐘，並要求中國遊客下車。後來日本警方趕到，遊覽車才能安全離開。

中國外交部發言人姜瑜9月30日表示，中國堅決反對這些不友好甚至違法的行為，並已就此向日方提出交涉。日本共同網指出，福岡市政府已緊急制定一套措施以確保遊客安全，其中包括：提供市政府樓大廳作為中國遊客觀光的集合地，並透過駐上海的辦事處向相關游輪公司通報該應對措施。

發生中日釣魚島事件後，日本國內已發生多起激烈的反華事件，包括日本一些右翼人士向中國駐長崎和福岡總領館投擲自製燃燒物，以及神戶等地的中國人學校遭人恐嚇和破壞等，但無人受傷。