兩岸經濟合作架構協議（ECFA）及相關附件已二讀通過，對於後續談判事宜，中國海峽兩岸關係協會會長陳雲林表示，必須要看兩岸商談結果。
我國海峽交流基金會副秘書長高文誠日前曾表示，在ECFA生效前，兩岸將先組經濟合作委員會，優先討論兩岸投資保障，該議題不排除列入第6次江陳會談中，且兩會也將討論爭端解決機制、服務業貿易和貨品貿易等談判；經濟部國際貿易局局長黃志鵬也表示，因為ECFA是在兩岸兩會架構下談的，所以，後續協商應該還是會透過兩會機制進行。
至於後續談判時程，陳雲林在蘇州靜思書院出席慈濟慈善基金會揭牌儀式後表示，「（雙方）會談，但還要看兩岸商談結果」；對於訪問台灣的時間，陳雲林也表示兩會還在諮商安排中，。
據傳海協會副會長李亞飛日前來台參加會議，拜訪海基會副董事長高孔廉，雙方初步以9月5日到13日之間，作陳雲林赴台訪問的規畫原則，但兩會卻一直未對時間、地點有具體共識。
另外，高孔廉24日將率團赴浙滬等地訪問，傳將和中國方面討論ECFA後續協商和陳雲林訪台議題，但高孔廉和海基會僅表示此行主要是「交流互訪、關懷台商、開創商機、互惠雙贏」。
