針對外界對成立廉政署的質疑，行政院院長吳敦義今(22)日回應表示，不會發生疊床架屋的情形，且提高廉政署層級在現今憲政體系也緩不濟急，他強調，廉政署與相關單位如調查局是平行關系，成立廉政署絕對可以加強防貪肅貪的效率。

吳敦義是在今天行政院院會的臨時動議中，針對外界有關廉政署疑慮，提出三點回應。

第一點，吳敦義說，有關廉政署的層級問題，當前的憲政體系要將廉政署直屬於總統或最高行政機關之下，是不可行的。如果要這麼做，需要修憲，費時耗日。

其次，對於廉政署是否會產生疊床架屋的質疑，吳敦義表示，廉政署是國家成立的新軍，與現有的單位(如調查局等)是友軍。他指出，廉政署與其他相關單位是平行的關係，能形成交叉火網，讓檢調單位更靈敏作業。

至於廉政署能否完全杜絕貪污，吳敦義說，有警察也不代表就會完全沒有流氓，廉政署的成立是要查緝貪污，增加防貪、肅貪的力量。