針對6月9日凌晨所發生的怪手開進大埔農地、警方封鎖徵收區域事件，引發苗栗縣政府是否依法徵地且採取手段是否過於粗暴的爭議，苗栗縣府新聞科長侯淑芳在記者的詢問下指出，徵收案已進入正式程序，縣府一切都依照相關行政程序處理。
侯淑芳也說，當日怪手開進的農地都是已徵收完成的土地，而之前召開近20場的公聽會、說明會和區段徵收座談會等，也都有通知竹南大埔自救會派員參加。
至於區段徵收地價是否合理的問題？據苗栗縣政府之前發佈的新聞稿即指出，劉政鴻縣長已經為當地居民盡力爭取，並透過較高之抵價地發還比例、程序違建同意補照、房租津貼等措施來補償民眾，全案經內政部核定發還抵價地之比例為曾經農地重劃區為46%、非農地重劃區為41%，係全台最優惠之條件，故得以獲致原地主高達98%之領地率。
另據縣府新聞稿指出，「擴大新竹科學園區竹南基地暨周邊地區特定區計畫案」已於1/25動土，未來可創造約8千個就業機會、引入5千億以上的投資金額，而且在緊鄰園區事業專用區周邊劃設優質住商區，面積約63公頃，可規劃2800戶示範社區，將可提供高科技人才在此生根，粗估未來將可創造超過兆元以上產值及衍生住商等龐大需求商機。
縣府表示，自93年10月28日以來，為使民眾充份了解計畫內容，共計辦竣3場公聽會、8場說明會、8場區段徵收座談會等，以廣納民意。
另園區由原23公頃草案修正至28公頃部分，係依循科管局95年的指示，後因群創光電陳請擴大園區事業專用區面積，並出具5千億之投資意向書；所以，併同本案各式民眾陳情意見，提送內政部辦理審議。
審議期間，各類陳情案件除由縣府於內政部都委會中一一說明外，並另外召開相關協調會議，將其結論檢送至內政部，最後才審決。換言之，有關民眾的陳情意見及維護地主權益部份，縣府已盡最大努力並展現最大誠意。
