H1N1新流感疫苗自 1日起開打，莫拉克風災收容所住民、六個月以上未滿１歲的嬰兒、災區11縣市醫事防疫人員，以及其他縣市第一線直接照顧或接觸病患醫事人員都是疫苗施打的前面順位對象。
至於近日新流感肆虐的國小、國中校園，依衛生署規畫，分別排在第5、第6順位，五專1至3年級則是第7順位，將自12月1日進行校園設站接種，預計在明年1月15日前，趕在期末考及放寒假前完成疫苗接種工作。而需要施打第2劑的小1到小3學，在放完寒假開學後儘快完成第2劑的接種。
新流感疫情升溫，造成全國至少1100個班級停課，很多家長希望盡快替孩子施打疫苗，教育部長吳清基今天表示，將和衛生署研商，如果疫苗數量足夠，將讓學生提前施打。
今天施打的H1N1新流感疫苗，主要是由諾華藥廠所生產，共37萬劑。而台灣的國光疫苗將於11月中驗收有500萬劑，屆時將依季節性流感疫苗執行比例分配至各縣市。以台北市去年季節流感施種比例推估，大約可分配比例10.135%。
後續疫苗到貨時間，包括12月有一批「諾華」疫苗，數量110萬劑，以及明年1月「國光」疫苗350萬劑，一樣依季節性流感疫苗執行比例分配至各縣市。
疾管處官員說，若國光疫苗取得使用許可，依規劃接種時程，11月16日起第2順位「孕婦」、第3順位「1歲至國小入學前幼兒」、第4順位「重大傷病者」將同時開打。
第8、9、10、11順位（青年、住院中高危險疾病族群、壯年高危險疾病族群、半百高危險疾病族群）將隨疫苗到貨期程，陸續開放。疾管局提醒，疫苗注射後兩周才產生抗體，這段時間還是要注意健康自主管理。
而總統府發言人王郁琦今天也表示，總統馬英九會依照中央流行疫情指揮中心排定的接種順序施打。馬總統是排在第11順序，屬半百高危險群的類別接種H1N1疫苗。
