中共新華社27日引用國台辦未具名的說法指出，中國堅決反對達賴喇嘛訪問台灣，並稱台灣民進黨邀請達賴訪台是在蓄意破壞海峽兩岸關係。這項並非針對馬英九的指控，經濟學人認為，是因為中國不想讓民進黨漁翁得利。
經濟學人雜誌27日發表一篇文章：「馬總統未完的風暴」，指達賴喇嘛訪台將激怒中國。文章指出，如果馬英九上任十五個月以來有一個主軸，那就是改善與中國的關係。這也是當馬英九批准達賴喇嘛來台時，如此令人震驚的原因。因為這是最可能激怒中國的作法。中國一向指控達賴喇嘛意圖分裂中國領土。
經濟學人分析指出，有三個原因讓馬英九不得不如此。第一，這次台灣水災的嚴重規模和達賴喇嘛在台灣受歡迎的程度，讓馬英九如果拒絕他的訪問，看起來將顯得無情。
其次，馬英九個人和政府已經被批評在此次的水災中，對災民的救援遲緩而且回應不足，特別是一開始還拒絕外國援助，這些都讓馬英九的民調直直落。民進黨邀請達賴喇嘛的動作，因此讓馬英九陷入困難的處境。
第三，民進黨批評馬政府所以拒絕外援，是因為擔心觸怒中國。這個理由可能是沒有根據的；更可能的原因是，只是政府落入官僚怠惰的惡習，而且嚴重低估災情的嚴重性所致。但這已經讓馬政府很難再留下任何可能被認為是以災民為代價而迎合中國的暗示。
但值得注意的是，中國雖然反應跟以往一樣激烈，卻是指向民進黨而非馬英九。因為，如果中國為了懲罰馬而採取制裁或者降低兩岸和解的速度，將抵銷馬政府的主要政績。而受益者將是民進黨，中國的敵人。
