「吳清基」三個字，常常是媒體猜測教育部長人選「話燒」的對象，隨著吳內閣人事定案，教育部長吳清基終於一腳踏實地跨進了教育部大門，距離上次擔任教育部政務次長，已經過了9個年頭。而各界也都在看，未來的教育部長吳清基，如何面對過去北市教育局長吳清基施政作為──兩個不同身份的矛盾與衝突？
吳清基今天接受媒體採訪時提到，「北北基聯測已獲教育部同意，確定於民國100年，先辦一年。」至於未來是否影響國中升學制度的改變，他等上任後，會聽取相關司處簡報再做決定，目前一切還不確定。
這番話，似乎也為「教育部長」的吳清基，與「曾為台北市教育局長」角色衝突，預先埋下了伏筆。
師範體系出身的吳清基，教育行政資歷完整。2003年馬英九連任台北市長，延攬吳清基擔任台北市教育局長；2006年郝龍斌選上台北市長後，吳清基繼續留任台北市教育局長；「一綱多本選一本」、「北北基聯測」正是台北市長郝龍斌為了降低北市學生升學壓力的競選政策，為了落實對選民的承諾，吳清基為北市教育政策強力辯護的身影，仍是記憶猶新。作為一個台北市教育局長，吳清基絕對是一個稱職的教育行政首長；2008年底，郝龍斌更將吳清基拔升為副市長，可見郝對吳的倚重與信賴。
只是「一綱多本選一本」、「北北基聯測」的政見，放在全國中等教育升學制度的大架構來看，教育行政資源豐富，明星學校居多的台北市，幾乎是牽一髮動全身；不僅是影響北北基的10萬考生權益，也牽動著外縣市考生的權益。簡單地說，台北市要實行「一綱多本選一本」，想報考建中北一的外縣市考生敢不準備一本相同的教材嗎？
又如「北北基聯測」時間，幾乎與全國國中基測第一階段考試同一時間，且將近九成的北縣市和基隆的招生名額是透過「北北基聯測」進行招生考試，考生幾乎被迫在北市與全國，兩個不同的考試制度之間，作二擇一的抉擇，明明兩階段的國中基測可以擇優分數報考學校，較有利於減輕學生壓力；但想要報考北北基學校的考生，恐怕也只能選一試訂終身的北北基聯測考試方式，反而讓人更憂心是否重回過去聯考時代。
當「教育局長吳清基」變成「教育部長吳清基」之後，他過去在台北市主張、貫徹的教育政策，是否將帶到中央，形成全國性的教育政策，這是數十萬家長與學生，在準備考試之餘，也要時刻盯緊，怕哪時候來個政策大轉彎，而措手不及準備。
