前陸委會特任副主委張顯耀被拔官案，馬政府從原先宣稱張顯耀洩密需要接受調查，到現在急轉直下，開始指稱張顯耀是共諜。整起事件至今撲朔迷離，而馬英九的中國政策團隊自己大打出手，更使外界看得眼花撩亂。當中國在沉默一星期後，如今官媒與官員都開始表示意見，顯示張顯耀案發展已進入兩岸關係層次。不要說馬習會更不可能，中國日後對馬英九應會更不假辭色，而馬最自誇的兩岸關係進展，也很有可能因張顯耀案而進入新的冷凍期。
張顯耀不僅是陸委會特任副主委，直接聽命於總統，也是海基會副董事長與秘書長，可說兩岸談判的直接參與者。即便馬政府上台後，兩岸談判已逐漸由各業管部會直接進行，陸委會不再有統整協調的功能，海基會更成為形同橡皮圖章的白手套而已。但因所有的談判結果都要在兩會架構下完成簽署，即便秘書長不實際負責談判，對每一個單項談判的結果還是最有掌握，因此可說是兩岸談判資訊匯流的中心點，可能比負責握手的海基會董事長還要了解狀況。
因此張的去職，對於進行中的談判一定會有影響。別的不說，光是兩會的工作會議時間與地點的協商就會出現扞格。像這種程序的小事，會因其對談判進程的影響，而對結果出現新的衝擊。
另一個影響，是馬政府念茲在茲的「兩岸互設辦事處協議」。互設辦事處談判只牽涉到陸委會與海基會，因為這是掛在海基會名下的辦事處，而由陸委會管轄。先前更傳出馬政府已經開始要求各部會對明年度預算，要編列其派駐辦事處的人力與業務需求，希望在這個立院會期預算通過，如還能在本會期通過辦事處設置條例與兩岸人民關係條例之修法，則在明年就可以無縫接軌直接上陸。
但當橫跨陸委會與海基會的張顯耀被拔官，馬團隊自己內鬥不暇，顯然海基會在有關互設辦事處的談判上就會被拖延。而當共諜案的指控出現後，中國也一定會懷疑是否馬對先前張顯耀在任時所談出的結果都不要算數了，一切要重新來過？
中國對張顯耀案的反應最有趣，但也是不得不然的結果。
當張顯耀一開始被拔官，其給人的感覺是宮廷內鬥，王郁琦想要搬開礙眼的大石頭。但之後變成與職務相聯繫的洩密案，包括踰越本身的授權範圍，或與台商有不正當的請託關係。由於洩密是透露給對方我方的談判底線，因此算是內控不嚴而洩底，或是對手很厲害而被探了底。
但當張顯耀案變成了共諜案，這表示懷疑中共已經收買了張顯耀為其工作，意味著張顯耀從2012年2月開始擔任陸委會政務副主委後所與聞的兩岸談判，可能都會有問題。如果老共不出聲，就默認了其從2012年至今兩岸談判的結果基本上是買收張顯耀所得來的，這些結果也很可能會隨著張顯耀的去職而全面崩盤。
因此不管是撇清自己的責任，還是不希望2012至今的結果灰飛煙滅，老共都必需要切割清楚，因此會由官媒與官員先後出馬表示意見。
有趣的是，中共官員要求台灣媒體不要多做揣測，但問題是這是台灣內部事務，中共官員憑什麼管制台灣媒體對台灣政治發展「揣測的自由」呢？中國官媒則對張顯耀多所愛護，說以張顯耀的光譜，中方不可能用張顯耀當共諜，意思就是絕對有共諜，只是不用張顯耀而已；其言下之意也表示張顯耀頗得中共欣賞，要馬英九不要追殺過甚。因此中國的反應一方面是希望確保2012以來的談判結果，但又警告馬英九不要對張顯耀下重手。
2012以來兩岸關係從展開高政治含量的談判，到進入正式的政治對話，而中國對馬政府的政治促談壓力又高過以往，這都是2012之後的發展，但如今可能隨著張顯耀被拔官而崩潰。中方自當全力捍衛，罕見的官媒與官員發言肇因於此。
當馬政府以共諜案對付張顯耀，而中國學者又宣稱張顯耀比馬英九更傾中時，北京政府和馬政府的關係就可想而知，2014馬習會？我看大概就別想了吧。
張顯耀被指控為共諜，社會上多數人不願相信。一方面是馬政府的斧鑿痕跡太明顯，先射箭再畫靶的情形很清楚。二方面是不少人認為馬英九本身就是最傾中的總統，與其拿共諜案抓張顯耀，還不如先拿下這個不少人認為是台灣最大的共諜馬英九吧。
張顯耀共諜案也給馬政府出了難題，因為共諜一定要有接頭者、受益數量、合作關係人、以及對方的目標等。如果不抓一批人，難以證明是在抓共諜，但如果真的抓了一批人，則很可能會被視為是有系統以共諜案株連異己。
這個案件除了對兩岸談判出現遲滯作用外，也意味著兩岸互信出現負面發展。畢竟馬政府以共諜指控張顯耀，形同也在公開指控中國。而馬習互信的解體，表示未來兩年兩岸關係應不致有太大進展，談判出現結果的機率不高。
短期來看，貨貿協議與兩岸互設辦事處的談判進度會直接受影響。但馬政府與中國的談判結果幾乎都對台灣造成傷害(除了紅頂商人是受益的一方外)，所以沒有結果對台灣反而是好事，這可能是張顯耀案對飽受馬政府折騰的台灣，一個意外的驚喜吧。
