五都選後的台南市，因市長賴清德不同意市議員要求的工程配合款額度，使市議會遲遲不願開議，影響市政運作。前南投縣長彭百顯表示，於公他建議賴清德應讓議員工程配合款檯面化，讓中央一起面對；於私若賴清德只做一任，則應該堅持到底，但若想連任，則可以考慮適度妥協。
台南縣市合併後，議會希望比照過去台南縣工程配合款文化，要求每名議員1500萬配合款，但賴清德不願承諾，因此他所提的預算案議會不願開議審查。彭百顯今（2）日中午在新頭殼《開放編輯室》節目中表示，既然合併升格，就應該趁此機會解決這個不合法的制度，不過，如果市議會遲遲不願開議或杯葛預算，行政部門沒有預算配合，等於是半停工狀態。
彭百顯談到，地方縣市政府的預算書上並不會看到工程分配款或工程配合款的條文，但台灣數十年來行政部門都會編列此預算，由議員去執行小型工程，也有地方會把款項一部份分配到社會福利補助上，工程配合款加上社會補助配合款，統成為議員配合款，這是行政部門用人民公帑來綁票推動施政，賣人情給議員。
為何議員需要工程配合款？彭百顯說，手上有預算可以討好選民，馬上為選民服務，這次台南市議會公然對行政部門挑戰，並用不審查或杯葛預算來威脅賴清德，最後結果要看賴清德的堅持程度，但彭百顯預期最後賴清德會做適度的妥協。
彭百顯表示，國外並沒有這種議員工程配合款制度，因為行政和民意代表監督權是分開的，民意代表不能分配行政資源，若民代執行行政預算，就沒有監督的功能，所以這是台灣的陋習，也是公開的秘密，但沒有人願意改革。
民代反映民眾需求，彭百顯認為情理上合理，但應讓行政部門執行並改進民眾的問題，民代負責監督行政效率和資源分配，而非民代自己拿預算執行，所以工程配合款表面上是讓民代改進民眾反應的問題，實際上是滿足其他目的，最大的好處就是得到選民支持，同時在分配行政資源的過程中也有機會圖利特定人士。
彭百顯提及自己在南投縣長任內，一開始並沒有編列工程配合款，但隨後被議會杯葛或刪除預算，媒體也不願支持彭百顯的堅持，最後由中央出面下令編列分配款。彭百顯說，若真的有需要，合理制度應該建立，而非以私下分贓的方式，這是縱容不法來達到行政目標。
對於台南市工程配合款的問題，於公上，彭百顯呼籲要公開，從地方到到中央，大家一起把配合款制度弄清楚，在合理需求下全國制度化。但於私上他建議賴清德，若只做1任，可以堅持理想不承諾配合款，因為到法定時限後，行政部門還是可以繼續執行預算；但若不只做1任，可以適度地妥協配合款要求，讓政見可以實行。
