行政院今 (12) 日公布內閣改組名單，原法務部長邱太三轉任國家安全會議諮詢委員。這次邱的轉任，根據《ETtoday》消息指出，「不執行死刑」是壓倒駱駝最後一根稻草。但除了不執行死刑，據傳「得罪阿扁」也是原因之一。

邱太三擔任法務部長期間，並未執行過死刑。根據《ETtoday》消息指出，台灣最近發生多起分屍案，民間累積大量的民怨，而蔡英文的民調呈現低迷，法務部長至少應對惡性重大的死刑犯執行一、二個槍決，疏解民怨。總統蔡英文為此曾約見邱太三，但邱的說明被蔡認為是軟釘子回應，法務部沒有提出快速且具體有效的解決辦法，促使府方決意趁這波內閣改組換人。

另外，邱太三下台的另一個原因是「得罪阿扁」，也因此得罪深綠基本盤。邱太三對監所系統非常了解，上任來推動受刑人「一人一床」等各項獄政改革措施，他明白矯正署當初核准陳水扁保外就醫，造成高雄監獄暴動事件，而阿扁已經保外就醫在外，還到處趴趴走，不時諷刺法務部，甚至還說要上凱道抗議。「得了便宜還賣乖」邱太三不能認同，公開發言時多次直接警告阿扁不要太過分，引發深綠及阿扁支持者不滿，蔡政府在年底大選考量下，避免阿扁再扯後腿，只好換下邱太三。