全國教育產業總工會(以下簡稱全教產)今天表示，吳茂昆擔任教育部長後，首先便著手解決爭議多時的台大校長聘任案，強勢拔除原遴選會合法選出校長，也就是管中閔教授出任校長的資格。教育部此舉引發社會輿論譁然，對此全教產呼籲，教育部長應以相同標準審視自己的身分及資格，若開此惡例將會使全國教育失序，也讓第一線教師無以面對莘莘學子。

全教產指出，民國96年公布的〈大學法〉第一條揭露了設立大學的宗旨：「大學以研究學術，培育人才，提升文化，服務社會，促進國家發展為宗旨 。」而大學校長是由學校代表、社會公正人士以及教育部所派之代表共同組成之「遴選委員會」共同決議，選出適當人選後再報請教育部聘任之，教育部長並沒有權利否決遴選委員會所提的校長人選。而今天吳茂昆逾越部長職權，以指稱管中閔曾任私人企業獨董之由，粗暴地否決合法選出的校長一職，干預校園自主的作為將戕害大學自治，使台灣民主倒退、大學教育蒙羞。

全教產說明，民國8年時，青年學生們發起的「五四運動」引發了一連串的文化改革，其中對於「民主」與「科學」的追求，被認定是使中華民國邁向民主國家、現代化國家重要的里程碑。時至今日，號稱「民主進步」的政府卻走回頭路，用如此不合理的手段傷害大學民主，全教產質疑，難道大學校園只能為政治服務？

針對事件，全教產表示呼籲教育部不要忘了自己的主管事務是全國教育，也就是樹立教育典範，若將政治黑手伸進校園，是使教育價值、民主價值崩毁。同時，全教產也支持由台大、成大、交大、中大提出的「捍衛大學自治及學術自由」聲明，在「五四運動」99週年的今天，抗議教育部粗暴無理的拔管行為。