行政院發言人徐國勇今（16）日晚間表示，新任教育部長將由中研院院士吳茂昆接任，對於此人事案，朝野看法差異甚大。民進黨立法院黨團幹事長何欣純認為由吳出任非常適當，國民黨立法院黨團書記長李彥秀則認為，吳茂昆的政治立場明確，難以適任。
吳茂昆是淡江大學物理學士、碩士以及美國休士頓大學的物理博士，過去曾擔任行政院國家科學委員會主任委員、中研院物理研究所長，以及東華大學校長。
持贊同意見的何欣純表示，吳茂昆的出線令人「耳目一新」，並認為他有政務官經驗，又享有學術界的盛名，後續對台灣都有一定的貢獻，認為他出任教育部長非常適當，此外，針對台大校長當選人管中閔的「卡管」一案，何欣純期許吳「該怎麼做就怎麼做」，並對他有信心。
對此，李彥秀持有不同看法，認為吳茂昆儘管於學術界有優秀的成就，不過對於教育制度以及高教發展並沒有特別突出的想法，加上其政治立場明確，擔憂吳將會是「完全服膺於民進黨意識型態」的教育部長，認為他沒辦法適任此職。
親民黨立法院黨團總召李鴻鈞則認為，教育的領域不允許有政治力的介入，希望吳茂昆對於政治力可以是「絕緣體」。
由於前任教育部長潘文忠是因為管中閔案請辭，時代力量立法院黨團總召徐永明盼吳茂昆出任此職後，教育部能夠對此案採取明確態度，表達清楚立場，並強調這是首要之務，次要任務則是台灣高教競爭力的問題。
此外，吳茂昆在擔任東華校長時曾被質疑「假借職權」，溢領教師獎助金，掏空校務基金等黑箱作業，徐永明因此質疑，是否沒有更好的教育部長人選？
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