環保署在桃園大潭電廠環差案的立場反覆，遭外界批評標準不一。有人質疑環保署為了呼應蔡政府非核家園系列政策，才放行大潭電廠的環差案。環保署長李應元6日在立法院接受質詢時強調，整個過程中沒有政治外力干預，環保署並未承受任何壓力。

台電為解決缺電危機，計劃於桃園大潭發電廠購置2台燃氣單循環發電機，進而向環保署提出申請，環保署在1月4日審查後駁回，要求台電重新進行大潭電廠的環評。不料在1月18日由環保署副署長詹順貴主持的環評大會上，環保署態度一轉，批准大潭電廠的環差案通過。

台電在2014年通過的環評是計劃於大潭電廠購置3到8部「燃氣複循環」機組，複循環機組的氮氧化物（NOx）排放濃度為8ppm。不過，台電最後卻更改為增設2台「燃氣單循環」機組，氮氧化物排放濃度為25ppm。國民黨智庫及部分國民黨籍的立委均提出批評，指環保署為了實現蔡英文總統的不缺電政策，放水通過環差，無法堅守保護環境的立場。

環保署長李應元及副署長詹順貴6日至立院針對大潭電廠一案列席報告。李應元強調，環保署並沒有承受任何壓力，也沒有關說環境委員，環評的過程都是公正透明的。李應元表示，此案的空污排放量尚在標準之內，且台電允諾加裝SCR防污設備，環委經考量後才通過，絕對沒有政治外力介入。

詹順貴也澄清，當天的會議全程都是開放討論，沒有以任何形式引導，最終由委員投票決定。他強調，環保署該捍衛的都會捍衛，不會讓步。