環保團體綠色公民行動聯盟12日指出，2016年1到11月裡，六輕共有2.5萬筆超標數據，其中更有262筆達開罰標準。然而，原始超標數據的紀錄卻離奇消失，質疑台塑自行更改數據以規避開罰。對此，台塑則反駁說，隨時歡迎環保署及各級主管機關入場查核。
台塑六輕廠目前共有398根煙囪，其中34根煙囪設有連續監測系統（CEMS），可監控煙囪排放汙染源是否超標，造成人體危害。而雲林縣政府也將即時數據上傳供民眾查閱。
不過，綠色公民行動聯盟指出，2016年1至11月期間，台塑六輕共有2.5萬筆超標數據，其中更有262筆達到開罰標準。然而，根據相關管理辦法，監測原始數據上傳給雲林環保局後，廠商可就異常數據做「校正」，重作註記。因此綠盟發現，上繳數據中，只要遇到超標數據，全被標記為「無效數據」、「監測設施維修」等一筆帶過，2.5萬筆超標數據全消失。
另外，雲林縣政府2016年僅開出一筆10萬元的罰單，對此，綠盟呼籲環保署與地方環保局須對此負起責任，勿姑息台塑六輕等重大污染源，否則空污問題將無解決之日。
針對綠盟的指控，雲林縣環保局空氣噪音管理科科長廖崇圜解釋，CEMS監測數據畢竟是機器運轉，一定會出現問題，所以要做人工校正。另外，法規規定相關數據須達85%的有效數據，若未達到就會開罰。
環保署副署長詹順貴則表示，未來2週內會派員南下清查六輕所有有問題的數據，一旦有應罰卻未開罰的狀況，會嚴辦到底。目前也著手研發相關法規，避免讓廠商鑽漏洞。
對此，台塑則發表聲明，澄清2.5萬筆超標污染數據是CEMS設備故障、保養、校正時所產生的無效數據，且照環保署要求，有效數據達98%以上，並無違規。因此，隨時接受監督，環保署及各級主管機關也可隨時入場查核，台塑將全力配合。
