去(2016)年颱風接連撲台，蔬果價格居高不下，引發民怨，台北地檢署為查明是否有「菜蟲」藉機囤積商品、哄抬物價，6日指揮台北市調查處幹員搜索台北農產運銷公司等12處，並以犯罪嫌疑人身分約談8人到案，由檢察官偵訊後，北農常務董事、青果社理事主席陳益宗被依涉犯背信罪諭令10萬元交保，顧問張清良請回。

北檢指出，6日指揮台北市調查處、刑事警察局搜索台北農產運銷公司等12處，同步約談犯罪嫌疑人共8位，目前相關人員陸續移送北檢複訊，全案朝違反《刑法》第251條不法囤積商品、哄抬物價牟利等罪嫌偵辦。

由於菜蟲問題，民進黨立委段宜康先前也在臉書發文表示，抓菜蟲一定要先抓北農，他批評，北農的收入是來自於蔬果交易的抽成，而抽成業績好，就是因為蔬果價格昂貴，沒想到北農居然拿績效出來吹噓，把痛苦建立在人民身上。

對此，北農也曾回應，少數特定人士因政治目的或挾怨報復，不斷地以不實言論歪曲抹黑，北農的蔬菜是透過農民團體從產地運送至台北販售，不可能途中被搶買囤積，而且拍賣過程都很公開透明。

雖然北農聲稱沒有菜蟲，不過，先前外界也提出質疑，菜商在現場標到菜，加價後再直接轉賣，這個過程都是人工操作，沒有留下紀錄，才會導致菜價飆高。