自從林全內閣上路以來，內閣改組的流言一直沒停過，先是傳出高雄市長陳菊可能接手林全組閣，總統府秘書長的位置也傳言由賴清德辭去台南市長接任，根據週刊最新報導，指出宜蘭縣長林聰賢確定在農曆年前入閣，嘉義縣長張花冠則是取代傳出倦勤的曹啟鴻，接任農委會主委。對此，行政院發言人徐國勇撇清傳言，強調目前為止，沒有任何調整計畫。
林全內閣改組傳言不斷，根據《時報週刊》報導，傳出農委會主委曹啟鴻是出身教育，上任後，自認發揮空間有限，副主委陳吉仲又沒有扶正的意願，因此，可能會由嘉義縣長張花冠接替。
另外，《鏡週刊》也報導，林全內閣將會在年前進行一波改組，其中，行政院副院長林錫耀可望接任總統府秘書長，勞動部長郭芳煜、衛福部長林奏延、農委會主委曹啟鴻、科技部長楊弘敦、國發會主委陳添枝，以及部分政務委員都在異動名單當中。
而當中最大亮點，可望是宜蘭縣長林聰賢，總統蔡英文此次出訪中南美洲點名林聰賢隨行，就是希望能隨時徵詢林聰賢的意願。此外，林聰賢若入閣，因任期已過一半，遺缺將可直接由內政部報請行政院派員代理，無需改選。
面對地方首長紛紛傳出前進中央入閣的傳聞，行政院發言人徐國勇強調，目前內閣沒有任何改組的計畫與訊息。農委會主委曹啟鴻也澄清，絕對沒有倦勤，嘉義縣長張花冠也否認入閣傳聞，表示希望能把嘉義「這個滿滿的大平台」做好，暫時沒有其他想法。宜蘭縣長林聰賢也否認入閣傳聞，強調此次陪同總統出訪，只是抱著見學的心情，不需要多做聯想。
