對於婚姻平權議題，行政院長林全27日於媒體茶敘時表示，婚姻平權涉及很多主觀價值，「不是行政院說了算」，希望社會大眾能用同理心來思考問題。行政院目前也沒有提出專法的考量，一切尊重立法院的審議結果，「立法院最後的決定，就代表經過社會溝通的結果」。
林全強調，婚姻平權涉及很多主觀價值改變與社會期待，價值觀的問題非常大，不是行政院說算就算，希望社會大眾能用同理心來思考問題，才能找到比較好的平衡點，立法院最後做的決定，就是代表是經過社會溝通後的結果，行政院會尊重。
至於行政部門是否會朝向制定專法設計？邱太三在26日司法及法制委員會中表示，針對婚姻平權法案，法務部會延續上一屆司法法制委員會的要求，朝《同性伴侶法》的方向擬定，原則上，2月底就會提出草案，送立法院併案審查。
不過，徐國勇在27日上午澄清，專法必須經過行政院院會通過，行政院目前沒有提出專法的訊息，被媒體視為「打臉法務部」，而先前法務部政務次長陳明堂也否認會提出婚姻平權「專法」，被外界抨擊行政部門立場反覆。
行政院長林全澄清，邱太三的說法，並非要提出一份「專法」草案送進立法院，而是將早期就擬定的《同性伴侶法》研究計畫，所做出的研究報告，在明年2月送入立法院供立委參考，純粹是外界誤會，徐國勇的說法也與邱太三一致，「沒有誰打臉誰的問題」。
