由於在南海仲裁中，我方領土太平島遭降格為「礁岩」，也直接影響到台灣主張的主權爭議，前總統馬英九12日出席「中華民國收復太平島70週年座談會」時提到，南海仲裁的結果不正義，我方不應接受。且他於下午出席「收復太平島 70 週年圖片展」時提到，由於菲律賓總統杜特地訪問中國時，未重申南海仲裁結果，馬英九直言，「南海仲裁結果遠低於我們預期，預期效果還沒發生」。
馬英九於座談會時提到，南海仲裁案結果牽涉了「程序不正義、實質不正義及邏輯不正確」3大謬誤。首先，他提到，國際仲裁法庭在裁決前，應該由兩造雙方出席提出證據爭辯，但此次僅菲律賓參與仲裁法庭，實屬程序上的瑕疵。
其次，馬英九說，菲律描述太平島上的狀況「根本不是事實」，菲律賓不斷宣稱太平島上沒有可飲用的水源，不具備人類居住與生存的條件，但馬英九駁斥，太平島上已經開發多年，島上除了稻米外，其他均可自給自足。最後，馬英九認為，這次南海仲裁無論在程序還是實質上，都是不正義的。
下午出席照片展時，馬英九致詞也說，南海仲裁結果在杜特地上台後出現轉折，杜特地在出訪中國時，強調要改善中國與菲律賓的關係，卻完全沒提到南海仲裁結果，「這遠低於我們預期，預期效果還未發生。」
不過，馬英九也肯定總統蔡英文宣示不認同與不接受南海仲裁結果，認為蔡政府前2天在太平島進行人道救援演練是正確的，但不能只有這樣，還要劃設基線與基點，這是宣示主權的重要動作。
