總統府19日晚間宣布總統府秘書長林碧炤、國安局長楊國強雙雙請辭獲准，兩人請辭的理由都是「階段性任務已經完成」。而總統蔡英文對這位李登輝總統時期就曾同事的林碧炤，則以「老朋友」稱呼，並尊重他希望可以退休寫作的期望。
總統府發言人黃重諺19日晚間表示，總統府秘書長林碧炤多次向蔡英文請辭，經總統懇談後，已批准並於10月20日生效；總統府秘書長職務則由副秘書長劉建忻暫時代理。
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黃重諺表示，林碧炤向總統表示，今年4月間他接到蔡英文邀請擔任總統府秘書長一職，這個邀請對他來說，深感榮幸、責任重大，有鑑於當時政局移轉之際，必需要穩定國內政局，為了要協助蔡英文，他答應這個邀請，並且接任這個重要職務，把過去他受國家栽培所累積的經驗，貢獻給國家。
林碧炤認為，新政府現在運作順暢，也符合他當初接任這個職務的初衷，既然階段性任務已經完成，他希望儘早將職位讓出來，以利蔡英文進用下一階段所需的人才。
蔡英文對於林碧炤堅決請辭的心意表示理解，而且也多次慰留，但也尊重老朋友希望可以退休專心寫作的期望，因此批准林碧炤的辭呈，也感謝林碧炤5個月以來的協助。
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蔡英文也指示由劉建忻代理，至於新任秘書長人選，黃重諺表示，總統已有腹案，有幾個人選正在考量。
至於國安局長，黃重諺表示，在520交接後，國安局在楊國強的帶領下，確保政府交接過程的平和與穩定，總統、副總統有3次出訪的維安佈局及國家慶典安全工作，都有很好的表現，蔡英文表示肯定。
黃重諺表示，但由於階段性任務已經完成，楊國強向總統表達辭意，蔡英文再三考量後，對楊國強的請辭勉以同意，也高度肯定楊國強在任內對國家的貢獻，特別肯定他在國家安全事務上、過去這段時間以來的協助。國安局長將由前空軍司令彭勝竹上將出任。
