華航罷工爭議才落幕，但有媒體報導指出，交通部長賀陳旦在過程中沒有掌握關鍵時刻，才讓罷工危機不斷擴大，報導還引述民進黨人士指出，賀陳旦恐將成為新政府首位下台官員。對此，行政院與民進黨也立即予以澄清，賀陳旦強調，交通部絕未在人事上猶豫不決，交通部與行政院在過程中皆保持訊息交換。

據《壹週刊》報導，賀陳旦上任後，至少有3個時間點可以化解罷工事件，包括：上台後立即撤換華航董事長、空服員罷工投票通過後，以及當行政院跳過賀陳旦任命何煖軒接任華航董事長後，並未一併撤換總經理，讓事件最終演變至此。

對此，行政院發言人童振源29日鄭重澄清，在華航空服員罷工事件當中，行政院與賀陳旦一直保持密切聯繫，所有華航人事案也是行政院與賀陳旦共同討論決定，並沒有所謂行政院跳過賀陳旦直接任命一事。童振源強調，行政院支持賀陳旦的工作，對他的領導交通部有信心。

賀陳旦下午出席記者會時也回應，交通部在人事上並沒有猶豫不決，人事安排跟院內都有保持很快處理訊息交換。他強調，雖然不方便自己說，但行政院已有表達，足以回應相關傳聞。

此外，行政院副院長林錫耀也在民進黨中常會強調，報導所稱高層不滿絕無此事，在此澄清並表達對賀陳旦肯定。民進黨中常委林聰賢也說，中常會上也要求，必須保障所有勞工，要行政院掌握所有人事尚未更換的部分，避免華航事件再度重演。